Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
2002年，数码世界面临灭亡的危机！数码世界本是由究极天使兽、基路比兽及神圣天女兽三大天使所管治的，然而其中一位天使——基路比兽却叛变，这使得数码世界的平衡受到破坏，并开始崩溃…… 古代曾经拯救数码暴龙世界的十斗士现在已不存在。就在这危急关头，十斗士的斗士精神把新力量给予了另一个世界——现实世界的孩子…… 主角拓也等人，将进入数码世界，变身成数码暴龙，投入这场冒险与战斗的旅程！
故事发生在一间风格十分复古华丽的老式洋馆中，你是公寓的管理员，在那里，命运的邂逅等待着你。 运动细胞非常发达，看上去冷酷无情但是实际上十分温柔的苇原巧（前野智昭 配音）、小小年纪就已经是出色演员，一边演戏一边念书的仁科葵（花江夏树 配音）、身为著名企业的高管，个性十分严厉甚至稍稍有些施虐倾向，可是又存在着善解人意稳重可靠的一面的宫坂真也（鸟海浩辅 配音），居住在公寓里的，是这样三名性格迥异的男子。每一天，你看着他们进进出出，你们之间，会碰撞出怎样的火花呢？
来生三姐妹经营着一家名叫“猫眼”的咖啡店。其实，三姐妹是海恩茨的女儿，这位伟大的画家与收藏家，在三姐妹小时神秘失踪了，而随着父亲的失踪，家中的藏品也都一夜蒸发。于是，三姐妹白天是活泼可爱的少女，夜里变身成黑夜中的盗贼——“猫眼三姐妹”。她们只偷那些曾经是父亲的藏品，希望借此寻找到失踪的父亲的蛛丝马迹。而二妹来生瞳更是特殊，因为她的男友正是要逮捕“猫眼三姐妹”的年轻警察。真相与爱，黑夜中游走的三姐妹在一次次犯罪中找寻这些问题的答案。
樱丘高中的新学期开始了，这不仅仅意味着有许多新的面孔将出现在校园里，同时也意味着，一场轰轰烈烈的社团招募大战即将拉开帷幕。天然呆少女平泽唯（丰崎爱生 配音）对新的校园生活有着一份憧憬但也心怀忐忑，这时一个大大咧咧的女孩田井中律（佐藤聪美 配音）出现在了她的面前。在阿律的热情邀请下，有些迟钝的小唯莫名其妙的成为了“轻音部”的吉他手。来到轻音部活动室的小唯见到了贝斯手秋山澪（日笠阳子 配音），这个有些正经但又有些害羞的黑长直让小唯心生好感。但这时小唯才发现，这个传说中的轻音部，所有的社团居然就是她们三人，而按照学校的规定，凡是不满四人的社团就要被解散。怎么办？刚刚加入社团的小唯，立刻要开始为了保证社团不被解散而开始奋斗！
东田大辅（中村悠一 配音）是一位平凡不起眼的男子，因为家境实在贫困，于是不得不来到一间家庭餐厅打工以维持生计。东田虽然其貌不扬，却有着十分认真踏实的性格，因此深受上司和后辈的信赖。然而没过多久，东田就发现，这间看似普通的餐厅，其实有着非常大的问题。 工作出色的女高中生领班宫越华（户松遥 配音）、活泼开朗的千金大小姐镰仓志保（雨宫天 配音）、浑身散发着魅力的轻浮男公关进藤祐太（小野贤章 配音）、沉默寡言拥有着超强灵能力的村主小百合（日笠阳子 配音），餐厅里唯一的正常人足立正广（内山昂辉 配音），在这些人的围绕下，东田会迎来怎样的打工生活呢？
