Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
憧憬宇宙、不擅长表达的少女小之星海果，遇见了自称外星人、有心灵感应能力的少女明内幽。想去太空的海果和想回太空的小幽，想要用自己的双手建造可以飞去宇宙的火箭，故事就此展开。
三年前，勇者西昂·布雷德利用圣剑之力将地狱之门封印，人与恶魔的战斗得以结束。 但由于封印并不完整，一段时间后，地狱之门再次开启，世界各地的恶魔直到现在还不断地涌现并袭击人类。 在地狱之门开启三个月后的某一天，平凡好色的农夫少年托卡·斯考特自制的陷阱居然意外杀害了勇者西昂。 为了湮灭证据，他埋葬了勇者西昂的尸体，但隔天早上托卡成了勇者西昂的外貌。 原来是勇者的原伙伴尸术师安莉·海因兹沃斯将托卡的精神用尸术转移到勇者的体内。 而后，受到威胁的托卡代替勇者西昂，与青梅竹马优娜一起踏上了封印地狱之门的冒险旅途！
经常被同学欺凌的南云始，与同班同学一起被召唤到了异世界。与接连着发现了自己的那作弊般的能力的同班同学们相反的是，始却得到了炼成师这个平凡职业。即使在异世界也是最弱的他，被某个同班同学陷害后掉进了迷宫的深处——！？ 就在找不到逃脱方法而陷入了绝望深渊的始，凭借着炼成师这个职业踏上了通往最强的道路，并与吸血鬼·月相遇了——。 “我保护月，月保护我，这样的话我们就是最强了。让我们一起横扫一切直至超越整个世界吧。” 迷宫深处的少年与在那里的吸血鬼之间的“最强”异世界幻想曲，开幕！ ——然后，少年超越了“最强”。
