Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
高校生の北条才人はクラスメイトと結婚した。 それも学校一苦手な、天敵のような女子・桜森朱音とである――。 「私と結婚してること、クラスのみんなに言ったら殺すから」 「俺だって結婚を知られたくはない。なんのメリットもない」 普段から嫌い合う二人の新婚生活が上手くいくはずもなく、なにかと衝突ばかり。 しかし、日々の暮らしの中で歩み寄ることで距離が縮まっていき、一緒にいて楽しい時間が増え、少しずつお互いを理解していく。 才人は今まで知らなかった朱音の可愛い素顔を知り、朱音は心の中に秘めていた想いに段々と気づき始め……。 素直になれそうでなれない二人が送る胸キュン新婚生活、ここに開幕――！
白虎与黑兽——中岛敦与芥川龙之介并肩作战，在与弗朗西斯·F的决战中得胜，与自大国袭来的“组合（Guild）”之间的巨大异能战争宣告结束。 “武装侦探社”与“港口黑手党”在此战中缔结的休战协定仍在继续，而从他们引发的毁灭危机中幸存下来的横滨，今天也在路边上演名为日常的物语。 但海外犯罪组织流入的传言，以及“组合（Guild）”残党的影子仍在此地若隐若现……。 另一方面，太宰治对于“魔人”觉醒、新的灾厄开始感到担忧。 在暗渠中蠢蠢欲动的，是盗贼团“死屋之鼠”的头目，费奥多尔·D。其令人恐惧的谋略，终于露出獠牙！
主角春日野悠和他的双胞胎妹妹穹在父母死于事故之后，来到了位于名叫奥木染的小村的祖父的家中，在那里开始新的生活。一边和不习惯的家务事奋战，一边还要照顾平时足不出户、什么事情都不会的妹妹穹，悠的生活变得异常艰辛。
在与昔日到访奥木染时认识的天女目瑛和依媛奈绪重遇、认识了新的朋友、和以前一样几乎没有变的城镇和人们。这令人怀念的回忆和温馨的环境，治愈着悠心中的伤痕。在这样的过程中，慢慢地发生了一些变化。儿时定下的只属于两个人的秘密约定以及所失去的重要东西的下落。还有，定下了这个地方的真正理由。很快悠注意到了对自己来说谁是重要的存在……
面对伤痕累累，一路蹒跚走过的她，悠要如何面对呢？在阳光灿烂的初夏天空下，故事，就这样开始了……
中学時代“?”と呼ばれていた?森?花は、?分を変えるため、?由な校?の?美津?校に?学した。 同じクラスで隣の席になったのは、レモン?の髪をした、 クールで?由奔放な「レモンソーダ男?」の三浦界。 実は?花は中学時代に?度だけ界に会い、そのひと?をきっかけに?校を決めた。 ?花にとっては、?気者の界は遠い存在。 そんな界が、なぜか?花の世話を焼くようになる。 界が背中を押してくれることで、少しずつクラスに溶け込んでいく?花だったが???。 ?花の世界はどんどん、界の存在によって変わっていく―――。 果てなく広がる 光の真ん中に 今、私はいる
秘密結社キサラギ。 今や地球上の誰もが知る大企業は、自ら悪の組織と名乗ってさまざまな悪事に手を染め、 ヒーローたちを打ち倒し、ついに世界征服を成し遂げようとしていた。 しかし、世界を手に入れれば大勢の戦闘員たちは不要になってしまう。 このリストラ問題を解決すべく、キサラギの最高幹部たちは 新たな侵略先として宇宙に狙いを定める。 そして地球によく似た環境の惑星へ、 「戦闘員六号」と美少女型アンドロイドの「キサラギ＝アリス」を派遣するが、 現地の人々は“魔王軍”の侵略を受けていて――。
