《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
土豆性格懒散，时不时还会充下愣，卖下萌，耍下贱，平生有两大嗜好——吃饭和睡觉。按照土豆村的规矩，每个成员到了一定年龄都必须外出修行，但土豆却迟迟未动身。土豆爸爸无可奈何，只能乘着土豆熟睡的时候把他绑在一只巨大田鼠身上。当土豆醒来的时候已经身处一个繁华的都市中。 土豆无意中捡到无上神器“麒麟筷”，而受到各门派的追杀，慌不择路之下躲到了七号厨房中。土豆又在不经意中召唤出武魂“千年老参”，被迫作了他的徒弟，不情愿的担负起恢复江湖和平的重任。另一方面，麒麟筷藏在七号厨房的消息不胫而走，引得各种稀奇古怪的江湖人士前来抢夺，精彩且爆笑的故事从而拉开序幕……
赵祁重生到了战国时期。正值于秦始皇嬴政开启扫六合，统天下之时。毅然入伍从军，没想到竟然开启杀敌升级系统！赵祁一步步成为了大秦锐士的统帅，当看到秦始皇后，顿时惊了，自己竟然是始皇之子，大秦长公子！
妖界覆灭后，妖族在人界流离失所。九宫家将长女九宫良子派往华修国“六十门”留学，暗中收集妖怪并送回太阳岛。王令等人在与九宫良子的相处中，渐渐发现了她和整个九宫家族的真实目的……逆天的仙王大人，这次又要偷偷地为何而战呢？
