《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
普通的应届大学毕业生夏铃在求职之际，收到了一条奇怪的面试通知，因此误入罗刹街并遭到了危险，幸而被镇魂将曹焱兵搭救。然而接触中，曹焱兵却发现夏铃并非看起来那样普通，因为她的身体里也存在着灵力，并且寄宿着一位神秘的守护灵。与此同时，夏铃开始遭到不明身份刺客的追杀，曹焱兵亦被卷入其中，二人的命运从此开始了交集，而在这一切的背后，似乎还隐藏着某些更加危险的秘密……
故事讲述的是受到指令机的召唤天乐与美美一起来到了彩虹国，为了拯救这个世界，他们与指令宝贝红宝开始了一段奇幻的冒险之旅。在这个旅程中他们了克服各种困难，结识了更多同伴，最终凭着友情、爱与正义的力量拯救了彩虹国。
大启泰顺年间，太子封瑾琰常年卧病药石罔效，皇帝别无他法请国师伍年行招魂之法。却没想到伍年招来的，是九百年前开国太子封无豫的魂魄。随着种种事件的超能展开，一场延续了900年的覆国阴谋逐渐浮出水面。
阿狸发现这个世界上有许多人，虽然经历了成长，但是丢失了童心，变得困惑麻木和孤单。阿狸通过经历和冒险去帮助他们找回信心。期间帮助了贪吃的大仓鼠重新找到自己的定位和价值，帮助拾荒的地精收集了星星并送回天上。阿狸和桃子大熊误入了一个神秘的棋盘，通过智慧和勇气打败了骄傲的象棋白皇后。阿狸帮助了一个失去伴侣的坏脾气先生，找到失去的爱情和回忆。在小镇的剧场里，阿狸了解到了提线木偶的理想是当一个舞蹈家，阿狸鼓励他勇敢地追求自我，不要害怕失败。最终提线木偶受到了命运的眷顾。
纣王断然拒绝“天”的神谕，将之投入火炬里烧毁，公然发布反抗神族之宣言。神族之主——“天”为此勃然大怒，带领神族的天间六部与周国军队来讨伐大商国。纣王与远古神兽不死鸟分享血与肉体，得到了原本属于神族才拥有的原始界神力。可惜还是不敌“天”之无色界神力，最后功败垂成。纣王之子武庚得到母亲妲己之帮助，逃过神族的追捕。后来沦落为采矿工厂的奴隶， 武庚从不赞同父亲的做法到体验到神族所带来的不平等待遇，立志颠覆神族。
