小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
作品主要讲述了某天，一款掀起大热潮的VRMMORPG「YGGDRASIL」原本会停止一切服务，但即使过了结束时间，玩家也不会退出游戏，NPC也有了各自的思想。现实世界中喜爱电玩的主人公铃木悟（真名）在等待系统强制登出时，与“安兹·乌尔·恭”公会的成员意外穿越到了异世界，并且自己还变成了拥有骷髅外表的最强魔法师——“飞鼠”。就这样，真正的奇幻传说正式拉开帷幕。
性格有些孤僻喜爱安静的大学三年级生，樱井真一。总是被小一届，同高中毕业的学妹宇崎花，以各种照顾爱耍孤僻的学长的名义为由，进行各种无厘头的纠缠。虽然一开始觉得有点困扰，但却逐渐习惯起来……
故事发生在春日部的中华街上的《哎呀城》，「正男」邀请「小新」与「春日部防卫队」，学习传说中的功夫－软Q软Q拳。并和功夫少女「小兰」一起努力练功。 这时候，神秘面食”黑熊猫拉面”大流行。那是只要吃过一次就会上瘾，且让人变得凶暴的恐怖拉面！ 面对这突如袭来的拉面危机！为 了拯救哎呀城，春日部防卫队挺身而出，他们能够恢复街上的和平吗？
由于家人的缘故，姬小路秋人（逢坂良太 配音）和姬小路秋子（木户衣吹 配音）这对从小就分离的兄妹即将重新同住一间屋檐下，令以写禁断小说为生的秋人意想不到的是，自己的妹妹，曾经天真可爱的秋子如今居然成为了一个兄控！果然，倡导“兄妹之间的爱才是珍贵的纯洁感情”的秋子对秋人发起了猛烈的攻击。 在秋人的身边还聚集了一群姿色可人的美少女，这让秋子感到如临大敌。扎着金色双马尾，总是莫名其妙的就说起了H话题的傲娇娘那须原安娜（茅原实里 配音）；表面柔弱内心腹黑的猿渡银兵卫春臣（下田麻美 配音）；个性火爆但十分可靠的二阶堂岚（喜多村英梨 配音），她们的存在为秋人本来就很混乱的生活火上浇油。而总是用血缘关系拒绝秋子的秋人隐藏了一个惊天秘密——他和秋子之间，其实并无血缘关系。
