在二十世纪袭击地球的大灾害“落星雨”之下，世界多数的都市遭到毁灭。但从陨石中发现的未知元素——万应素，让人类的科学技术加速发展，终于诞生出被称作“星脉世代”的、拥有特异之力的新人类。 故事发生在世界最大的综合战斗娱乐项目“星武祭”的舞台，由六所学院包围、通称为六芒星的水上学园都市“六花”。转学到星导馆学园高等部的特待生·天雾绫斗，为了实现自己的愿望，而发誓在这个都市中战斗。
与愿望的实现相反，不为人知的持续战斗的魔法少女们。但是环彩羽却忘记了自己的愿望。 “当我成为魔法少女时，我许了什么愿望？” 在日常生活中突然出现空洞。那些已经失去的重要的东西。毫无理由持续战斗的每天…… 从那时起，有传言在魔法少女们之间纷传。 “如果去神滨，魔法少女就会被拯救” 神滨市是魔法少女和传言聚集的城市。为了寻求失去的愿望，环彩羽的故事开始了——
1912年，实业家涉泽荣一请到了土御门家的阴阳师平井保昌和物理学家寺田寅彦施行东京改造计划，运用灵力保护国都。魔人加藤保宪唤醒了一千年前的叛臣平将门的怨灵，企图毁灭东京。他选择了将门末裔辰宫由佳理作为灵媒。在平井以及大文豪幸田露伴的守护之下，加藤的阴谋没有得逞，但由佳理腹中却开始孕育拥有恐怖力量的新生命。平井在明治天皇驾崩之日自杀。1923年9月1日，加藤引发了关东大地震，在殊死搏斗中幸田将其打伤，最终将门怨灵没有觉醒，东京被保住了。在涉泽的努力下，东京迅速重建。1927年，日本首列地铁即将开通，而加藤放出的魔物妨害了这项工程，寺田运用西村真琴发明的日本第一台机器人解决了问题。不久后，加藤的能力完全恢复，企图再次破坏东京……
东京卍复仇者(重生之道) 圣夜决战篇 制作決定！
藤沼悟是一个三流漫画家，但是他却拥有着名为“再上映”（可以穿越到事件发生之前的时间点，阻止事件发生，但失败了会一直重复）的能力。某天，当回到家里的时候他发现了自己母亲遇害的一幕，并且自己被嫁祸为杀人凶手。就在这时候，由于再上映的关系，他突然回到了18年前·小学五年级的时候，而这一刻他不但要拯救母亲，也要为了同学的安全而战……
优等生水谷雫是一个只喜欢学习的女生，性格冷酷，不喜欢惹麻烦，唯一的兴趣是微积分，心中有一个“年收入一千万”的梦想。因为老师答应以新参考书作为报酬，雫才勉强同意送讲义给问题学生——吉田春，而春也是雫的同班同学。正是因为这“送讲义事件”，雫被春误认为成朋友，开始与春有了交集。虽然初次的相处并不愉快，但随着接触的深入，雫发现春其实是一个内心纯洁且渴望朋友的人。这样的两人在一连串的误解中逐渐相互吸引，再加上周围一帮稀奇古怪的损友们，甜蜜又青涩的校园恋爱剧就此拉开序幕。
