在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……
人类创作了许许多多的故事。 喜悦、悲伤、愤怒、感动。这些引人入胜的故事撼动着人们的心灵。 但是，那些不过是作为旁观者的感想罢了。 如果，故事中的登场人物们拥有了“意志”。那么对于他们来说，创作出故事的我们，是神一般的存在吗？ ——在我等的世界内发起变革。 ——对诸神之地进行制裁。 任何人，都将成为“创造主(Creator)”。
近導ユウユは江端トウヤに敗れ、 チームブラックアウトの象徴ともいえる旗を燃やされてしまう。 呆然とするユウユたちの前にリーダーの桃山ダンジが戻り、 トウヤとのヴァンガードファイトに挑み、見事勝利する。 仲間たちがトウヤに罵声を浴びせる中、ダンジはチーム離脱を宣言。 さらに次のリーダーとしてトウヤを指名し、メンバーに衝撃が走る。 一方、惣川ハルカに率いられたチームデイブレイクの 名の下に旗狩りを続けるマサノリとシノブ。 そして、謎の少女・御薬袋ミレイ。 ユウユたちを待ち受けるものとは── 。
在枪与钢铁的世界“Gun Gale Online”享受着单人游戏的女性玩家·莲。喜欢可爱事物的她，全身清一色的粉红色装备，不断累积游戏经验，并逐渐增强实力。之后，由于某件事而对于PK（玩家狩猎）觉醒了兴趣的莲沉迷于PK中，并终于到达被人称作“粉红恶魔”的地步。 这样的莲，与神秘的美女玩家·Pitohui相遇，并和她意气相投。莲按照她所说的，参加了小队作战活动“特攻强袭”。
都市国家里斯瓦雷塔。在这座有两轮太阳高挂空中的城市，人们所度过的平稳生活的阴影中，是犯罪与违法药物蔓延横行的世界。其中，致死率极高的危险药物“赞歌”，给城市投下了一道暗影。SEVEN-O特殊犯搜查系——这一专门取缔“赞歌”的搜查机关，实施两人一组搭档行动的搜查体制“双层巴士系统（Double Decker System）”来解决各种问题。 经验丰富的搜查员道格·比林汉姆，以及来到他身边、实力不明的搜查员基里尔·弗鲁别利。超然而难以捉摸的老手刑警，与光凭一股干劲而徒劳无功的菜鸟刑警。两位与众不同的刑警的故事，现在开始了。
