自称为“狂妄的疯狂科学家”，至今仍是中二病的大学生‧冈部伦太郎。他与他的同伴偶然发明了能送往过去的邮件D-MAIL。由此所引起的，是即使多次过去改变（世界线移动）也会到访的、同伴死去的未来……在绝望的冈部面前出现的曙光，是不论谁也不会死亡的未来，称为“命运石之门”的世界线。跨越时间轴解开各种谜团，冈部终于到达了“命运石之门”。可是，跨越了众多世界线的冈部的头脑，开始出现了庞大的”负荷”……
故事舞台在一所名为龙鸣馆的高校，转校来到学生、老师、甚至连学园长都是个性派的私立龙鸣馆的近卫素奈绪。虽然对不习惯的学园生活有些不知所措，但为了喜欢的话剧，为建立话剧部而来到学生会室，这里却是学生会长雾夜艾利卡一手掌握大权的女王政治的中心。更糟的是，和过去有某种缘分的青梅竹马对马雷奥发生了最糟的重逢…… 武义高强的学生会风纪委员铁乙女；品学兼优，但又毒口、H的学生会长雾夜艾利卡；沉默寡言、性格孤僻，对X知识无知到发指的下级生椰子和美。还有青梅竹马的平胸受萝莉和治愈系亲友团路人女。
突然出现在人类面前的神秘飞翔体“灾”。 意味着灾厄的此一存在凭借异样的战斗力凌驾于所有的航空战力之上。 为对抗他们而开发的，便是对现有机体进行特别调整以实现超水准高机动力， 被称为“子体”的兵器。 负责操控的则是名为“阿尼玛”的操纵机构。它——竟拥有少女的外表。 因“灾”的缘故而失去驾驶员母亲的少年“鸣谷慧”， 他遇见了闪耀鲜红光辉的瑞典制战斗机以及驾驶它的阿尼玛“格里芬”。 身为人类最终兵器却动作不稳定的格里芬，还有一心向往天空的少年， 两人漫长且炙热的故事就此展开。
文月学园的学生的学习成绩一直十分低下，而在偶然的机会下，学园以科学和超自然能力为基础开发出了“考试召唤系统”，系统的应用在学园里掀起了一股新风潮。学园实行按成绩分班制，主人公·吉井明久自信满满地接受了考试，而迎接他的却是最差的班级·F班，这里的教室简直简陋得不像教室。为了改善现状，就要在以召唤兽来战斗的战争“试召战争”中获胜。一部新感觉战斗学园恋爱喜剧诞生了！
个性活泼开朗有时候显得有些大大咧咧的水无月遥（田村由加莉 配音）、成熟稳重颇具大小姐风范的神无月葵（能登麻美子 配音）、从意大利转学而来的天才少女叶月胡桃（钉宫理惠 配音），活泼可爱的三人平日里在学校中是无话不谈的好友，过着平凡的校园生活，但每当夜晚来临，她们便会变身成为拥有超能力的魔法少女。 三人的目标，是寻找价值连城的天使像，邪恶而又贪婪的地下拍卖组织Black auction得到了它，企图通过它来牟取暴利。成绩优异的学生会长如月唯人（桧山修之 配音）、随叫随到的万能管家长月平之丞（清川元梦 配音），是他们在背后默默的支持着少女们。
居住在东京下町父母双亡的四月一日家的三姐妹四月一日一花、二叶、三树。母亲在她们幼小时去世。父亲也在去年去世，姐妹三人居住在父亲留给她们的独立家屋中。某日 、结婚后的二叶离开娘家，开始和一花、三树一起生活，这样的四月一日家中到来了带着某个目的的神秘女高中生 （物述有栖）另一方面，搬家的二叶在卡拉OK吧「雅子」开始打工。在卡拉OK吧中老板娘的女儿・大森神生湖（天神子兔音）和酒屋的女服务生・若木春（夏色祭），打工同事的演员少女·山村忍（大空昂），三姐妹的表妹姐雨夜瑠美（朝之瑠璃）等充满个性的成员和四月一日三姐妹+借住陷入了大混乱……
