2020年，网络对于如今人们的生活而言已经是不可或缺的一部分。但是，人类所不知道的是，在网络的另一面有着一个无限的世界——数码世界，以及居住在其中的数码兽……以首都圈为中心发生了大规模网络故障，乱闪的信号灯、乱码的室外屏幕……新闻上报道是网络恐怖袭击。故事的主人公是住在东京近郊高层公寓的小学五年级生八神太一。为了准备周末的夏令营而一个人留在家中，去涩谷的母亲和妹妹八神光乘上了一辆无法停止的电车。为了救母亲和妹妹，太一急忙赶往涩谷，当他前往车站月台的瞬间发生了不可思议的现象，太一去了数码世界！孩子们与搭档数码兽相遇，一同面对未知的“冒险”！
既不是大人，也不是小孩子，正处于微妙的年纪的六年级小学生绫濑花日。偶然间和同班的男同学目击了班导接吻的场面，也为了朋友的生理期来了，自己却还没，而烦恼着。另一方面，花日的朋友苍井结衣，则是悄悄地在意着一个爱欺负人的男生……
“真好啊，可以在我们家的别墅过暑假了……”一学期终于结束了，祐巳跟祥子有机会一起度过一个暑假，真是令人期待啊……
小杰的父亲是名顶级猎人，却在他很小时就离开了他。多年后，天资聪慧生性善良的他也决定成为一名猎人，并借此去寻找素未谋面的父亲。 在考取猎人证的过程中，小杰结识了杀手家族出身的奇犽，火眼睛族的唯一幸存者库拉皮卡和想要成为救济穷人的医生的雷欧力。并且和西索，一个视强者为猎物的神秘魔术师形成亦敌亦友的关系。 经过重重考验，小杰顺利拿到猎人证，可是对小杰来说，考验才刚刚开始。
