故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
为了阻止企图霸占世界的黑暗势力，野原家的普通小狗——小白接肩负重大使命，变身成为了守护世界的“超级小白”。小白将要面对的不仅是发明狗，还有其他意想不到的对手。当然，面对邪恶势力，小白也有着令人惊讶的超能力。于是，在这样一个以动物为主体的世界里，一场守护世界和平的“大战”悄然展开了。
石桥茶子（铃木美咲 配音）是一个普通的中学生，和其他的同龄人一样，个性朴实的她过着每日两点一线的生活。学校的生活虽然一成不变，但有着好友们的陪伴，日子却并不难熬，但有一件事情令茶子十分的在意，那就是这个坐在自己身旁的同桌柴犬子（佐佐木未来 配音）。 虽然身着水手服，说着和自己一样的语言，但无论从外表还是行为上来看，柴犬子都是一只不折不扣的雌性柴犬。可是，除了自己，周围的同学们似乎都没有发现她的异常。如果就此提出疑问，或许会被当成怪人也说不成，更糟糕的是，自己的行为可能会伤害到积极融入班级中的柴犬子。说还是不说？茶子陷入了深深的矛盾之中。
107年前（743年），世界上突然出现了人类的天敌“巨人”。面临着生存 单行本封面 单行本封面(13张) 危机而残存下来的人类逃到了一个地方，盖起了三重巨大的城墙。人们在这隔绝的环境里享受了一百多年的和平，直到艾伦·耶格尔十岁那年，60米高的“超大型巨人”突然出现，以压倒性的力量破坏城门，其后瞬间消失，凶残的巨人们成群的冲进墙内捕食人类。 艾伦亲眼看着人们以及自己的母亲被巨人吞食，怀着对巨人无法形容的憎恨和痛恨，誓言杀死所有巨人。城墙崩坏的两年后，艾伦加入104期训练兵团学习和巨人战斗的技术。在训练兵团的三年，艾伦在同期训练兵里有着其他人无法比拟的强悍精神力。即使亲眼见过地狱也依然勇敢地向巨人挑战的艾伦，如愿以偿加入了向往已久的调查兵团。 在他正做着到墙壁的外面去这个梦的时候，毁坏墙壁的超大巨人出现了。
成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
