故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
描述主角灯荒仁在机缘巧合下，碰到了过去的好友浅观音真宝，但却因此卷入了一场强者间斗争的故事。
断罪塔的惨剧过后，格里菲斯成功受肉在现世复活，但当格斯亲眼目睹格里菲斯复活时，内心产生了极大的动摇。接着由于这个边境之地产生龟裂，令世界的形态开始崩溃。
在上一年的全国大赛中取胜的主人公·小野田坂道所属的总北高中。组建队伍的前辈们纷纷毕业、引退，作为新世代的队伍开始进发的他们，在互相刺激、支持、提升的过程中，顺利打入以连霸为目标的全国大赛。之后，决战之时到来。以夺回王座为目标的对手箱根学园、拥有怪物选手御堂筋的京都伏见以及全国的强豪们齐聚一堂，以优胜为目标展开激烈交锋！所有选手各自心怀的想法。身为直线奔驰的竞速选手，身为征服山路的攀登者，以及身为将队伍导向胜利的王牌……通向各自荣誉的终点线——“GLORY LINE”，最先通过的人究竟会是谁——？
在熏风高中上学的纯朴少年小山田耕太，迎来了来到城市后的第一个暑假。 这也是和学园的园花、也是狐妖的源千鹤交往后的第一个夏天。 浑身洋溢着轻松感的日子——耕太和千鹤，还有伙伴们，接下来将会有怎样一番经历呢？
