在第一年的高中联赛，小野田坂道成功地引领总北高校获得综合冠军。他和今泉还有鸣子一同升到二年级，和队长手岛带领的新团队一起准备拿下二连胜！之后夏天的高中联赛终于到来，王者箱根学园誓要雪耻，以新队长泉田为核心不断取得佳绩，一路高奏凯歌。面对重振王者之风的箱根学园，总北再次成为挑战者，陷入了苦战。就这样，比赛的最后一天终于到来了。拿下第二天的京都伏见学园的御堂筋又拿出了新的策略……各个队伍的斗志熊熊燃烧，坂道是否能坚信自己和队友们的纽带，拿下光荣的终点呢？
小学时期，四位隶属游泳学会的成员于毕业前的大会夺得冠军，留下难忘的回忆后分道扬镳。时移世逆，于高中生活变得黯然无光的一位成员七濑遥，于某天突然遇上昔日的战友松冈凛。遥一边怀旧的同时向凛提出挑战，结果被对方压倒性击倒。以此为契机，遥决定跟目前同校的橘真琴和叶月渚重新集结，加上新成员龙崎怜，成立岩鸢高中的首个游泳部。充满跃动感的男子高中生，带着份外瞩目的上半身，展开了这个关于游泳、青春与羁绊的故事……
人類在廣大的宇宙中建立了許多星際國家，其名稱為「星間都市聯盟」，但大部分都被泰坦尼亞家族實質控制。星曆446年，宇宙都市國家耶伍里亞意外地擊退了泰坦尼亞的侵犯，因而引發了反對泰坦尼亞霸權的運動；再加上泰坦尼亞家族本身的內鬨，銀河進入了激動的大時代。
学園ヴァンガード！？ この物語の主人公・先導アイチが葛木カムイ、戸倉ミサキとチームを組みVFアジアサーキットを制してからはや数か月・・・中学生だったアイチは高校生になっていた。 アイチの通う学校は優秀な生徒たちが集まる名門として知られる宮地学園高等部。ヴァンガードを介して友達となった森川カツミや井崎ユウタといった同級生たちは別の高校に進学し、アイチは孤独な環境で高校生活をスタートする。 入学した当初は慣れない環境に戸惑ってばかりのアイチだったが、馴染みのカードショップ「カードキャピタル」の仲間である櫂トシキや三和タイシたちのアドバイスを受け、学校生活を充実させるため、アイチは学校にヴァンガードをする部活「カードファイト部」を作ろうとする。
