小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
过去，在被称作冬木的城市曾举行过由七位魔术师与英灵参加的“圣杯战争”。 然而趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯—— 数十年过去，千界树一族高举那个圣杯为象征，叛离了魔术协会，宣布独立。 愤怒的魔术协会派遣了刺客，但他们却遭到了召唤出的Servant的反击。 ——对抗Servant的是Servant。 ——“圣杯战争”的系统被变更，前所未有的七对七规模的战争爆发了。 因此，以罗马尼亚的图利法斯为舞台，空前绝后的规模的战争——“圣杯大战”拉开了帷幕。
在希安离去后，维持着和平日常的MIDICITY。但，随着企图歼灭音乐并支配一切的“暗之女王”的出现，前所未有的最大危机正在逼近—— 另一方面，回到现实世界的希安——圣川诗杏，由于在学校的音乐活动中毫无干劲而苦恼。诗杏在突然的瞬间回想起了在MIDICITY度过的快乐日子。而正体不明的某人，正在逼近这样的她的身旁。希安等人的命运究竟会如何！？
有尾一族想要占领地球，企图统治人类，梦野博士为了阻止其野心，创造出科学战队来拯救人类。
