《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
诡异末世降临，男主角陈木携万亿诡币重生，开局直接化身天使投资人，当其他人为了几块冥币大打出手时，陈木早已开启了大撒币模式买下各种诡异场景。别人还在规则中苦苦探索生路，陈木却倒反天罡化身规则制定者。各路诡异强者匍匐在他脚下，人类终将站在诡异末世的巅峰。
28世纪前夕，地球人口剧增，生存资源极度匮乏，在人类星际移民初步阶段，为抢夺地外资源，各国掀起新的军备竞赛。 宇宙最强军事商业联盟大夏联盟，属下三大最强舰队：红鳞、昆仑、三足乌舰队，此外还有几千个中小型舰队，其中舰队的主战力为仙女武装适用者。 靠这些舰队开拓收集地外资源，才供养得起六百亿人的社会。 但同时人类社会内部资源争夺战也从未停止。 故事中的人类社会与现实世界区分不大，虽有高端科技，但平民享受不到。 男主慕斯云带领仙女铁姬们征战星域，宏大的故事徐徐展开。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
