《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
瀛洲界内，诸子百家，唐诗宋词，皆有书灵。在《唐诗三百首》中醒来的书灵顾七绝，骑着《山海经》的神兽驳， 与为了养活自己和一群妹子而努力奋斗的乐五音一起踏上了一条寻找唤醒其他书灵的道路。
大辰国帝后因意外互换了身份，原本两看生厌的人却因为互换体会到了彼此的难处。在互换的过程中，逐渐开始互相理解、互相信任。在边疆告急的危机关头，萧锦昀（实际为徐钰）为平定边境御驾亲征，最终凯旋而归。就在帝后二人克服万难顺利换回身体之后，鞑靼女王却突然入宫。与此同时，朝野之中，三王爷想要夺权的心思昭然若揭......
在熙攘的人类世界里，很多妖精隐匿其中，他们与人类相安无事地生活着。猫妖罗小黑因为家园被破坏，开始了它的流浪之旅。这场旅途中惺惺相惜的妖精同类与和谐包容的人类伙伴相继出现，让小黑陷入了两难抉择，究竟何处才是真正的归属？
为了庆祝猪猪们打败了作恶多端的风暴前线，太阳城又举办了一场热闹的英雄盛宴。但一阵突如其来的震动打破了宴会的气氛。原来是冲天城突然涌入了大量岩浆，猪猪们紧急前往地表展开救援，却因此被困在下九霄。他们决定前往地心寻找五灵元素来解决这个危机，竟在途中发现风暴前线并没有被打败。猪猪们一路与其搏斗，惊险不断也从不气馁，可黑云的登场却似乎给了他们致命一击
