枪神记讲述了基因锁作为一项神秘降临的超时代科技，它能促使人体机能在速度、力量、感官等得到空前强化。成功打开基因锁的人成为新时代的“特工”，而特工中的佼佼者们被称为——“枪神”。围绕基因锁这一新型军备，各势力激烈斗争，纷纷成立学院培育特工。随着实验的突破与应用，同时来自神秘种族的胁迫，更让世界逐步陷入战争的泥沼...战乱结束之后，神秘种族消逝殆尽，特工、枪神更成为无从证实的都市传说，仅剩的两大特工组织“深海”与“荒蛇”分别将基地迁移至海底和地下，互不相扰。然而一派和平景象下，实则危机四伏
腼腆内向的小羊驼三三来到新的地方生活，遇到了什么都不放在心上的外星生物饼干鱼，以及内心脆弱、外表凶悍的寄居蟹蟹麻麻。一群小伙伴从看似舒适的壳中走出来，在找寻自我的同时，邂逅了更多的友人，在平凡的生活中收获了无数温柔。一颗“流星”撬动了某条凝滞已久的世界线，开启了“有问题”的新故事。
传说每当黑渊现世，就会有一场天道大劫毁灭诸天万界，重启宇宙。少年林飞因筋脉缺陷无法修行，靠着小聪明在问剑宗混吃等死，直到大劫来临，恩师与挚友战死在黑渊才为虚度光阴而追悔莫及。他历经险阻另辟蹊径，习得上古炼器法为师门报仇，与魔头渊皇同归于尽。岂料因为神秘力量的干涉，他又在重启的新纪元中重生。为守护从大劫中被神秘人传承下来的问剑宗，为了相同的惨剧不再上演，林飞决心从一名边缘弟子做起，修万剑之道，集群英之力，破天道大劫，续文明火种。
