击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱，海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。而另一边，浩肯星一方也派出精锐部队来到地球，旨在抢夺基因石碎片能量，消灭变形联盟。面对修复空间缝隙的艰巨任务，面对来自浩肯星的新的敌人和威胁，海澄和变形联盟成员毫不退缩，全力以赴。他们凭着过人的机智，同伴间的信赖，以及面对强敌的勇敢无惧，粉碎了敌人的一系列行动计划，击倒了强大的对手，最终守护了时空的平衡与地球的和平。
勇敢的男孩小宏接触到魔幻元珠，成为了充满正义感的元珠能力者，他和来自不同时空的少年能力者以及幕后技术智囊们一起，带领盟卡伙伴守护城市和人们。新一季里，自私的外星反派为了复苏自己时空的黑洞行星，不顾大地的安危夺走大量魔幻元珠，引发各种灾害。小宏团结伙伴们一起挺身而出拯救危机，在此期间他们了解到黑洞行星的过去，也用真诚让反派阵营的两位少年能力者逐渐醒悟而成为正义的伙伴，让大地和星际时空重现和平与安宁。
