《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
爹不疼娘不爱，同学老师也不待见的怂包戏精少女袁娜娜，居然被新搬来的冷酷凶恶大叔给盯上了！好怕哦，但是还要保持微笑~可谁知道这大叔居然还有神反差的一面……看这两个性格迥异的家伙会擦出怎样爆笑治愈的火花！
超星联盟旗下的超星特工猪猪侠和菲菲、波比、小呆呆、超人强，在执行追踪星际盗贼团的任务中，落入了一个超星联盟地图上不存在的地方——空星域。这里居住着来自各个星域的生物们，因为共同的冒险精神和好胜心，这里的人们将追逐速度的星际赛车作为毕生的事业与追求。猪猪侠和伙伴们在这里收获了重要伙伴超星卜卜们，更经历了空星域赛车巡回大赛的洗礼，获得竞赛冠军，但他的伙伴超星卜卜却被星际盗贼掳到了暗星域。为了救回伙伴，更为了超星联盟的和平，猪猪侠和伙伴们进入了让超星联盟最头疼的星际盗贼活跃的暗星域。在这里，猪猪侠的超星特工小组将面对各种在超星联盟失去正式身份的疯狂份子，以及逃亡至此的危险人物，找回自己的伙伴，也将收获新的朋友，并且进一步接近星际盗贼团的最高机密——星盗实验室的真相
巴斯沉入海底之后，被忠实的手下夸克救出。新的一届陀螺大赛开赛了，本次的奖品是基因块。巴斯为了夺得基因块，创建了陨石队，一同大战劲爆战队。他们在试炼之岛，和各国高手大战，巴斯的新队员实力非常强大。他们的陀螺全部升级为第二代。
延续前两季温暖、轻松、愉快的故事风格，本季全新加入有趣的动植物科普知识。熊熊帮帮团尝试各种办法，帮助解决小朋友们因动植物的某些特性导致的困难和烦恼，不仅带领大家认识奇特的大自然，也在探寻自然中收获了成长。
