神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
忽然有一天早上，极度怕麻烦的高一男生江浩一迎来了噩梦的开始：校花竟然前来声称怀了自己的孩子?学姐前来斥责自己劈腿？……男主人公江浩一，凭借“爱神巧克力”的力量，获得了从天而来的美少女后宫。粉色系大小姐夏紫瞳，运动少女唐瑄，学霸眼镜娘林渊，再加上原本就喜欢着江浩一的病娇黑长直欧阳雪梨，还有一个每次出场都在吃东西的爱神妹子。江浩一的后宫里，你最喜欢哪一个呢？
