击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱，海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。而另一边，浩肯星一方也派出精锐部队来到地球，旨在抢夺基因石碎片能量，消灭变形联盟。面对修复空间缝隙的艰巨任务，面对来自浩肯星的新的敌人和威胁，海澄和变形联盟成员毫不退缩，全力以赴。他们凭着过人的机智，同伴间的信赖，以及面对强敌的勇敢无惧，粉碎了敌人的一系列行动计划，击倒了强大的对手，最终守护了时空的平衡与地球的和平
故事讲述在22世纪的人类世界，一只身份来历不明的火恐龙横空降落在洛小熠等六名斗龙战士的生活城市，相继吸引了阿迪和六大守护龙前来人类世界，为了追踪火恐龙真相，阿迪与斗龙战士被不明光圈吸到另一个空间—阿莱达星基地。斗龙战士在阿莱达得知火恐龙出现人类世界的原因，为了阻止这些给人类世界带来危险的恐龙，斗龙战士肩负起维护正义和平使命，决定找回龙印。斗龙战士带着阿莱达发明的战斗拍档—宝贝龙开启维护和平及找回龙印的旅程！
