主角秦尘本是武域中最顶尖的天才强者，却遭歹人暗算，陨落大陆禁地死亡峡谷。必死无疑的秦尘，却意外触发神秘古剑的力量……三百年后，天武大陆偏僻之地，一位同名少年意外继承了秦尘的意志。作为大齐国军神定武王的爱孙，却因生父来历成迷，母子二人在定武王府中受尽冷遇，相依为命。为了重写望日的强者神话，也为了守护自己所爱的一切，秦尘毅然决然扛起维护天下五国的大任，再度踏上武道之路。
金晨曦篇主要讲述杨蔑和翠玉鸣鸾的故事，以此牵扯出圈外的另一种生物金晨曦，圈外深处并不只有黑狐娘娘。金晨曦是一种似人非人的圈外生物，有着非常强的实力，还是三少亲自动手解决的，可是并没有斩除后患。
少年秦烈为守护唐思琪，不顾境界相差悬殊和梁少扬对战，同时他体内沉睡的力量开始慢慢觉醒。器具宗在玄天盟派八大门派围攻下，遭遇到宗门存亡危机！秦烈答应器具宗宗主誓死守护器具宗，与此同时，七煞谷谷主鸠琉瑜却带着最强大的秘密武器偷偷潜入灵坛，打算夺取秦烈的性命……
在一次凤凰城赛车大奖赛期间，消失二十年的东方巨兽武罗再度现身，给城市带来了巨大的灾难和恐慌。武罗在袭击中受伤，躲进山洞休养。年轻赛车天才张小蚤，因过于自信，带领四人小队冒险偷袭受伤的武罗，反而引发了更严重的危机。面对打击，张小蚤在武器专家赖道张的帮助与激励下，不仅提升了战斗力，也找回了失去的自信。在武罗即将摧毁凤凰城的生死时刻，张小蚤挺身而出，力挽狂澜，成功拯救了全城，最终成为新一代的城市英雄。
后文明时代，地球异象频发，名山大川中出现异果，生灵凭借异果发生异变。大学生楚风，在失恋旅行中误入青铜昆仑山中，在地球复苏之际意外觉醒至尊人王血统，开启制霸修行之路！
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
