漫画《中之人基因组【实况中】》宣布了动画化企划进行中的消息，引起轰动的原因不明的连续少年少女失踪事件。
《中之人基因组》，在游戏实况者之间成为话题的神秘免费游戏。通称，失踪游戏。据称，在即将通关之际就消失的玩家源源不断。
失踪的游戏实况者们被人为地与外界隔离，集合到某座岛上。在那里，他们所接受的命令，是通过必须在现实中通关的各种游戏，来达成一亿的播放数。
8名人气实况者所带来的，以能否回归为赌注的真实游戏《中之人基因组》的实况开始了——

这是一个忍者依旧活跃在舞台上的世界。然而和过去不同，如今的忍者多为富翁和政治家效力，帮助他们干一些见不得人的勾当，这样失去了信仰的忍者被称为“恶忍”。为了对抗日益壮大的恶忍势力，政府建立了半藏学院，将那里作为培养“善忍”的地方。 天真活泼的焰（喜多村英梨 配音）、出身贫困却有着格外坚韧的意志的咏（芽野爱衣 配音）、沉默寡言丝毫不表露任何感情的日影（白石凉子 配音）、看上去像个小孩其实对自己身材十分在意的未来（后藤沙绪里 配音）、腹黑狡猾但实际上充满了母性光辉的春花（丰口惠美 配音），在学校里，这五名少女相遇了。

　　宇宙殖民地移民经过数百年的宇宙时代，争夺地球圈霸权的战争结束了，本以为和平的时代已经来临，然而却是快要面临着崩毁。
　　A.G.（Advanced Generation）101年
　　突如其来的不明敌人（UE=Unknown Enemy）攻击宇宙殖民地“天使”并使其崩毁，这死伤惨重的悲剧日后被称为“天使的日落”，之后UE对居住在地球圈的人们带来长期的危害。
　　A.G.108年
　　与UE的战斗持续着，原本和平的宇宙殖民地“奥凡”也遭到袭击，居住在此的7岁少年弗里特·明日野在战火中失去了母亲。不过，母亲在临终时，将家中代代相传的记忆单元“AGE装置”托付给他。其中包含着被称为救世主的古代MS“高达”的设计图，弗利特继承了母亲的意志，决心造出高达。
　　A.G.115年
　　14岁的弗利特被宇宙殖民地“诺拉”的联邦军基地阿林斯顿接收。七年间，和基地的工程师们持续着研究，终于完成了高达。这部搭载了“AGE系统”的高达，能够令机体自我进化。
　　然而，可怕的时刻终于来临……
　　UE的魔爪终于逼近和平的殖民地“诺拉”。
　　如今，弗利特开动自己制造的高达，挺身而战。
　　到底弗利特能战胜14年间都不能战胜的可怕敌人UE吗？
　　历经明日野家族3代人的“百年战争”由此展开……

住之江圭太是个临近高中升学考试的初中三年级男生。他在小时候由于父亲再婚，而和可爱的双胞胎姐妹·亚香和理香成为了姐弟。尽管没有血缘关系，三人也关系和睦地一同成长，但不知从何时开始，亚香和理香却似乎对圭太产生了恋情。看似是个认真的人、实际上是闷骚类型的亚香，以及虽然说话很冷淡、内在却很积极的理香。被两人所逼近的圭太，陷入了并非是由于应考学习所导致的、另一种意义上的困境

　　1989年，日本。
　　乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。

　　《信长的忍者～伊势·金崎篇～》是改编自漫画《信长的忍者》的第二期动画。