男鹿辰己（小西克幸 配音）就读于石矢魔高校一年级，是一个眼神凶恶个性粗暴的不良少年。这一天，刚刚在河边结束了一场斗殴的男鹿发现河面上居然飘来了一个长相十分可疑的大叔，更让男鹿震惊的是，大叔的体内居然产出了一个小小的婴儿！大叔告诉男鹿自己名叫阿兰德隆（高木涉 配音），婴儿名叫小贝鲁（泽城美雪 配音），他们来自魔界，而此行的目的就是毁灭全人类！ 莫名其妙之中，男鹿与小贝鲁签订了契约成为了小贝鲁的奶爸，这一颠覆性的改变让男鹿觉得十分头痛。随后，身材和个性都很火爆的恶魔女仆希露迪（伊藤静 配音）来到了男鹿身边。一面要对抗校园中的黑帮团体，一边又要照顾个性别扭的小贝鲁，男鹿惊险又温馨的奶爸生活即将拉开序幕。
白虎与黑兽——中岛敦与芥川龙之介并肩作战，在与弗朗西斯·F的决战中得胜，与自大国袭来的“组合（Guild）”之间的巨大异能战争宣告结束。 “武装侦探社”与“港口黑手党”在此战中缔结的休战协定仍在继续，而从他们引发的毁灭危机中幸存下来的横滨，今天也在路边上演名为日常的物语。 但海外犯罪组织流入的传言，以及“组合（Guild）”残党的影子仍在此地若隐若现……。 另一方面，太宰治对于“魔人”觉醒、新的灾厄开始感到担忧。 在暗渠中蠢蠢欲动的，是盗贼团“死屋之鼠”的头目，费奥多尔·D。其令人恐惧的谋略，终于露出獠牙！
缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。 留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。 重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。 即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。 但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒…… “所以说过去的事情我不知道啦！” 面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。 对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。 接下来，应该在数码世界做些什么才好—— 在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着—— 看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。 此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。 调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。 此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……
时间进入21世纪，科技高度发达，人类已经发明出可以自由穿梭时空的时光机。在时空条例的管辖下，人们尽量不去打扰古人的生活，以免引起历史改变。 21世纪某天，地球遭到极热和极冷光束的袭击。为了探究原因，日本时空管理局派出训练有素的“时代战士”前往恐龙横行的白垩纪调查。在那里，他们遇见了来自格雷萨行星的阿尔塔夏公主（村野奈々美 饰）及其随从机器人吉伊。从公主口中，他们得知邪恶的格得密斯星人四处侵略，为了追杀公主千里迢迢来到地球，更意图毁灭人类。为了保护白垩纪的恐龙和地球，时代战士与入侵者展开连番大战。其中，格乌（大西徹也 饰）化身的超级战士克塞更是格得密斯星人最强劲的对手。不断升级的正邪之战，在遥远的白垩纪展开……
