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　　1989年，日本。
　　乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。

　　宇宙殖民地移民经过数百年的宇宙时代，争夺地球圈霸权的战争结束了，本以为和平的时代已经来临，然而却是快要面临着崩毁。
　　A.G.（Advanced Generation）101年
　　突如其来的不明敌人（UE=Unknown Enemy）攻击宇宙殖民地“天使”并使其崩毁，这死伤惨重的悲剧日后被称为“天使的日落”，之后UE对居住在地球圈的人们带来长期的危害。
　　A.G.108年
　　与UE的战斗持续着，原本和平的宇宙殖民地“奥凡”也遭到袭击，居住在此的7岁少年弗里特·明日野在战火中失去了母亲。不过，母亲在临终时，将家中代代相传的记忆单元“AGE装置”托付给他。其中包含着被称为救世主的古代MS“高达”的设计图，弗利特继承了母亲的意志，决心造出高达。
　　A.G.115年
　　14岁的弗利特被宇宙殖民地“诺拉”的联邦军基地阿林斯顿接收。七年间，和基地的工程师们持续着研究，终于完成了高达。这部搭载了“AGE系统”的高达，能够令机体自我进化。
　　然而，可怕的时刻终于来临……
　　UE的魔爪终于逼近和平的殖民地“诺拉”。
　　如今，弗利特开动自己制造的高达，挺身而战。
　　到底弗利特能战胜14年间都不能战胜的可怕敌人UE吗？
　　历经明日野家族3代人的“百年战争”由此展开……

　　辛酸、后悔、耻辱——人类诞生的负面感情化作诅咒潜伏于日常当中。诅咒是蔓延于世间的灾祸根源，最坏的情况下会导致人死亡。而诅咒，只能通过诅咒来祓除。                                    
                               　　拥有惊人身体能力的少年·虎杖悠仁，原本过着普通的高中生活，但某天他为了救下遭到“诅咒”袭击的同伴而吞下了特级咒物“两面宿傩的手指”，自己的魂魄也寄宿了诅咒。自此与身为诅咒的“两面宿傩”共有肉体的虎杖，在最强咒术师五条悟的介绍下编入了对诅咒专门机关「东京都立咒术高等专门学校」……为了祓除诅咒，化身为诅咒的少年无法回头的壮绝物语开始启动——                         

平凡的大学生·野本裕也，与神秘少女·瞳相遇了。 在没有人烟的废弃场，野本目击到了她变成野兽的模样， 与狮子怪物展开死战的一幕。 他们的真实身份，是同时拥有人类的头脑与野兽的獠牙的“兽斗士”。 并且，瞳是隐藏着最强斗争本能的兽斗士“蜜獾”。 兽斗士们被自古以来支配日本经济的四大财阀三门、八菱、角供、石田所雇佣， 并作为其代理人展开决斗，争夺霸权。之后，野本通过再次与瞳相遇， 被卷入了这些兽斗士们的炽烈战斗“牙斗”当中——。

　　宇宙移民与宇宙战争的历史—宇宙世纪终结后，时光飞逝，人们迎来新的历史Regild Century(R.C.)，并开始了繁荣与和平的生活。
　　RC1014年，耸立大地连接地球和宇宙的轨道天梯Capital Tower(首都塔)，从宇宙中为人类带来作为地球能量之源的Photon Battery，故被视为是圣地。
　　其守护组织Capital Guard候补生贝尔利·杰纳姆在初次飞行的时候遭到所属不明MS G-SELF的攻击。贝尔利使用维修检查用MS与其交战并成功捕获。
　　然而贝尔利对G-SELF的驾驶者，名为アイーダ・レイハントン的宇宙海贼少女产生了某种感觉。
　　不满足特定条件便不会启动的G-SELF对贝尔利产生了某种反应。
　　宇宙海贼和アイーダ的目的、被G-SELF选中的贝尔利的命运、令RC全体动摇的真相——这一切只不过是Reconguista的开始。