三角窗外是黑夜

俺が必ず、お前を救ってみせる。 魔女教大罪司教「怠惰」担当ペテルギウス・ロマネコンティを打倒し、エミリアとの再開を果たしたナツキ・スバル。 辛い決別を乗り越え、ようやく和解した二人だったが、それは新たな波乱の幕開けだった。 想像を超える絶体絶命の危機、そして襲い来る無慈悲な現実。 少年は再び過酷な運命に立ち向かう。

　　国立爱丽丝研究机关学园本部不同于一般的学园，只招收具备特殊能力的学生，这种能力被称之为“爱丽丝”。因为好友今井萤（钉宫理惠 配音）转学从乡间来到了城里的爱丽丝学园，无论如何也不想和萤分开的佐仓蜜柑（植村加奈 配音）因此离家出走，跟随萤来到了学园。但没有超能力的她根本无法进入，被学院老师鸣海先生（石田彰 配音）救助后，意外地开发了蜜柑的超能力，于是，机缘巧合下，蜜柑也进入了爱丽丝学园，达成了她和萤在一起的愿望。
　　新学校的生活有喜有忧。蜜柑所具备的超能力被同学嗤笑为最无用能力，和其搭档的又是问题少年日向枣（朴璐美 配音），不能见相依为命的爷爷，在各种挫折困难面前，蜜柑依然乐观应对，逐渐赢得了大家的喜欢，也收获了和枣的爱情，但前路依旧有各种困难在等着他们……

看似在过去的心理阴影及独自的别扭思考回路之下讴歌着“独自生活”的比企谷八幡，偶然地被生活指导担当教师平冢静带着加入了「侍奉部」。他和同社团所属的令人窒息的完美美少女·雪之下雪乃，以及班级上位阶级所属的时髦女子·由比滨结衣一同，从解决班上的人际关系问题到给学生会帮忙，度过着解决各种事件的每一天。                                                                      　　季节流转，时至春天。八幡与结衣，接受了雪乃最后的委托。在准备3月的毕业典礼过程中，还被彩羽请求协助毕业舞会…——追求真物的八幡，与3人的关系逐渐改变。究竟他的高中生活将迎来怎样的结局！？

A.D.2199 Dec                                                                      　　一年の締め括り、街は新年への期待で活気づいていた。                                                                      　　そんな最中をSS級の統制機構反逆者にして史上最高額の賞金首、「ラグナ＝ザ＝ブラッドエッジ」が第十三階層都市「カグツチ」に出現したという情報が走り抜ける。                                                                      　　対象「ラグナ＝ザ＝ブラッドエッジ」は別名「死神」と称され、その行動目的は統制機構の壊滅といわれている。                                                                      　　対象に懸けられた高額な賞金や彼の所有する絶対無比の力を持つ魔道書を狙い、様々な者達がここ第十三階層都市「カグツチ」に集結する。