故事发生在神世纪300年，主要讲述结城友奈是初中2年级学生，她天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子决定性不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系，本作正是以描写友奈等人的“勇者部”的活动为主。
2020年，网络对于如今人们的生活而言已经是不可或缺的一部分。但是，人类所不知道的是，在网络的另一面有着一个无限的世界——数码世界，以及居住在其中的数码兽……以首都圈为中心发生了大规模网络故障，乱闪的信号灯、乱码的室外屏幕……新闻上报道是网络恐怖袭击。故事的主人公是住在东京近郊高层公寓的小学五年级生八神太一。为了准备周末的夏令营而一个人留在家中，去涩谷的母亲和妹妹八神光乘上了一辆无法停止的电车。为了救母亲和妹妹，太一急忙赶往涩谷，当他前往车站月台的瞬间发生了不可思议的现象，太一去了数码世界！孩子们与搭档数码兽相遇，一同面对未知的“冒险”！
绿化都市风祭。 在这个文明和绿色共存的理想都市里居住着的天王寺瑚太朗和神戸小鳥、吉野晴彦等朋友们过着平凡的每一天。 就在这平静的风祭市里、每年一次的喧嚣时期到来了。 这就是将整个都市气氛烘托热烈的收获祭。 宛如迎接巨大的文化祭一般、瑚太朗开始了捕捉新闻线索的打工。 风祭的未确认生物情报、原本只是超自然现象一般的流言，结果却逐渐被染上了一层真实的色彩。 同时期、瑚太朗的身边也开始逐渐开始出现各种无法解释的现象。 瑚太朗请求神秘研究会的部長千里朱音进行调查协助、而他的朋友们也被卷入了这场调查行动之中。 这对瑚太朗来说、其实只是为了满足自己小小的冒险欲而已。 和充满精力的伙伴们一起度过的话、那真是太好了。 瑚太朗还没有注意到。那和谁都不曾知晓的“真实”的探求之路紧紧联系在一起。 ———能改写过来吗、她的命运。
湘北高中的一年级新生樱木花道在初中就有了被50个女孩抛弃的“悲惨”经历，最后一个女孩抛弃他原来是看上了篮球部队小田，由此樱木对篮球更是深恶痛绝。进入高中后，樱木看上了美少女赤木晴子，晴子十分热爱篮球，为了赢取晴子的芳心，樱木决定加入篮球部。在侥幸赢得与篮球队队长赤木刚宪的打赌后，樱木顺利加入了篮球队。随着国中篮球联赛的最有价值球员流川枫的到来、伤愈复出的控位宫城良田以及误入歧途的前国中最有价值球员三井寿的回归，去年不堪一击的湘北篮球今年可谓人强马壮，虽然问题少年一大帮，但是在队长赤木刚宪的带领下，这一群以全国第一为目标的篮球少年正朝着自己的梦想进发！
身为人类少女，却与人类不同的存在——精灵。 拥有强大能力，在从邻界显现时会引发被称为“空间震”的灾害的她们，甚至被称为人类的天敌。 人类对付这种精灵威胁的手段，是武力消灭，或者—— “约会吧，让我出去玩！” 五河士道拥有通过吸取精灵与之亲吻来封印力量的能力。 以这种力量拯救了人类和精灵们的他周围，一场巨大的动荡即将到来。 瞄准世界一流巨型企业精灵力量的DEM产业，为了夺走士道的生命，全力展开袭击。 然后，在士道记忆深处的神秘少女，显现出她的真实身份——。 许多想法交织在一起，历史上最大的战斗开始了。
在一场毁灭性的世界大战后，地球只剩机器人们和唯一人类女性存活着，而这少女名字就叫做『遥』，在其身旁有五位机器人们的相伴。而对于醒来之前的记忆都没有的遥，为了寻找其失去的记忆而离家出走，却遇到了同样是人类的少年卡那特……那么，人类真的就只剩下他们两人了吗？还是说，人类已经去了别的星球？
