斗魂圣地一战之后，为了拯救枯萎的灵界灵树，六支浇灌灵树灵液化作灵树之种，由紫染苍麟带回灵界的灵树圣地栽种。 谁知两人在圣地却遭到月族长老镜影花的袭击，镜影花欲吸收灵树之种的力量完成自己的野心，在苍麟拼死牵制下，紫染带着灵树之种开始逃亡，在被追杀途中意外碰到了从地界过来灵界的斗魂卫张山峰一行人。 得知镜影花要吸收灵树之种然后反攻地界的野心，斗魂卫一行人决定要保护紫染回灵树圣地种下种子。
上古十大神器“太一轮”，因在其刻上了“太白克太辰”，使得历史产生了巨大的变化。太白帝国由于量产“机关兽”，并用其强大的武力掌握了神州大地。但野心无垠，太白帝国为了追求比神州大地更辽阔的版图，意图取得天下。时为太白历99年。太白帝国疆土底下烽烟四起，天下各地都持续着帝国与反抗军的战斗。在用古代动力驱动的帝国“机关兽”面前，一名反抗军少女手持传说中神器之一“轩辕剑”挺身而出。而那时，少女的青梅竹马少年却沦为帝国的奴隶。命运使然，即使少年的聚落曾被袭击，他仍然无法自拔地深陷于机关术的魅力之中。在历经了生离死别各种造化之后，两人皆以为与对方生死相别却又重逢时，众人的命运，也尽被卷入了历史的滚滚浪涛之中。
1800年前，人类恶念凝聚而成的怪物—八歧大蛇肆虐人间，被以草薙家族为首的武术家们用三件神器封印。 现代，世界综合格斗大赛 - THE KING OF FIGHTERS（简称KOF）召开，全世界的格斗高手集聚南镇。草薙家族的传人-草薙京来到南镇之后，他敏锐地感觉到了大蛇之力的复苏，一切迹象表明KOF大赛背后隐藏着一个巨大的阴谋。 随着KOF大赛的召开，所有的队伍，抱着各自的目的，渐渐被命运之手拉到了一起。而幕后的邪恶势力已然布下了天罗地网，准备将所有的格斗家一网打尽。正义与邪恶的对决一触即发！
