在科技发达的未来，网络上流传着一种真假不明、被称为“全息幽灵”的奇怪现象。初中一年级的天之河宙因为启动了父亲留下的被称为“数码暴龙机”的神秘设备，开始能看到大家看不见的未知生物“数码宝贝”。父亲将一只顽皮的数码宝贝“伽马兽”托付给宙，自那天起，宙便被卷入了各种奇怪的事件之中……
物語の舞台は魔族特区“恩莱島” 記憶なき第四真祖の新たなる戦い!! 月明かりに照らされ、 波打ち際で目を覚ました暁古城。 眼前には修道士のような衣服を 身にまとった白髪の少女の姿が。 「ようやく見つけましたわ、暁古城。 わたくしの名前は香菅谷雫梨・カスティエラ ――あなたの監視役ですわ」 東京の南方、三百三十キロ地点に浮かぶ 日本で“唯一”の魔族特区“恩莱島”。 自らの名前以外の記憶を失い、 第四真祖の眷獣を喚び出すこともできない古城。 絶海の孤島で新たな仲間達と挑む、 過酷なミッションとは果たして!?
女神祭――迷宮都市オラリオが活況に包まれる、実りの祝祭。 豊穣を象徴する女神たちは祭壇に奉られ、その中にはあの『美の女神』の姿も。 ダンジョン深層という死地から生還を果たし、日常を取り戻したベル・クラネルもまた、女神祭の賑わいを楽しむはずだった…… ――とある酒場の娘から一通の手紙が届くまでは。 『ベルさんへ 今度の女神祭、二人だけでデートしてください。 シルより』 都市の片隅、小さな酒場で固まった、少女のたったひとつの決意が、少年と迷宮都市を狂わせていく。 そして、『最強』を標榜する『強靭な勇士（ルビ：エインヘリヤル）』達が今、動き出す。 これは、少年が歩み、少女が望む――【眷族の物語（ファミリア・ミィス）】――
2013年，瑞士的原子核研究机构“CERN”—— 在希格斯玻色子这一发现的暗影之下，某个秘密计划启动了。 这一计划的名称是“Niantic计划”。 其目的是研究干涉人类精神的未知物质。 被称为“奇异物质（XM）”的这种物质， 自古以来就感应着人们的精神及能力，甚至给人类的历史带来了极大的影响。 世界各国的机关暗中进行着这项研究。 XM被视为人类的希望或是威胁， 大国及巨大企业为此而爆发了争夺战。 接受XM的力量，并准备将其利用于人类进化的“启蒙军”。 将XM视为威胁，并准备控制它的“反抗军”。 世界划分为这两大阵营，至今仍在持续着争斗。 在这个世界发生的争斗背后，正是XM的存在。 之后，2018年——。 以东京和世界为舞台，围绕着XM的新战斗开幕。 将动画、在线位置信息游戏以及现实连结起来， 从未体验过的全新“增强现实娱乐”开始了。
从小时候起一直青梅竹马的6人，却在升上高中之后彼此有了距离。不太与人们接触的主角宿海仁太、有点被小太妹熏染的安城鸣子、进入重点高中的松雪集与鹤见知利子、放弃读高中而展开旅行的久川铁道、只有幼年死去的本间芽衣子（灵魂，只有仁太能看见）还是一如从前。有一天，芽衣子对仁太说：“帮我实现一个愿望吧”。仁太虽然有点为难，却还是答应帮助面码实现愿望。以此为契机，为了实现芽衣子的愿望，分散在各处的大家又再次地聚集在一起。
时为战国。醍醐之国主景光，在某所寺院的大堂中，向12尊鬼神像许愿领土繁荣。作为交换而诞生的景光之后嗣，身体各处都有所欠缺，被视作不祥之子而抛弃到河川之中。时光流逝，鬼神实现了与景光的约定，国家迎来了平安。这样的某天，名为“多罗罗”的年幼盗贼，与某个男人相遇。 那是鬼，还是人——两臂装有刀剑，全身皆为人造的男人“百鬼丸”，其无光之瞳紧紧盯着袭来的妖魔。
