小小克星！EX

在美国的国际宇宙开发研究所，对开发宇宙有着无比热情的年轻研究员·冲一也自愿接受成为行星开发用改造人·代号“Super 1”的改造手术。                                                                      　　但是，知道Super 1存在的黑暗国家·多古马王国要求把Super 1交给他们。之后，拒绝交出Super 1的研究所被多古马派出的怪人所摧毁，存活下来的一也决心与多古马抗争到底，但现在以他自己的力量还不能变身。                                                                      　　一也为了学习变身的奥秘而回到日本，拜赤心寺门下，学习赤心少林拳。半年后，经过地狱般磨练的一也终于掌握了变身成Super 1的技巧，并展开了与多古马的怪人战斗。

时为公元2202年。                                                                      　　自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。                                                                      　　在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球，                                                                      　　与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。                                                                      　　在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。                                                                      　　伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。                                                                      　　这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？                                                                      　　期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。                                                                      　　如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。

　　某日，小新（矢岛晶子 配音）一家人来到一间废弃的电影院中寻找失踪的风间（真柴摩利 配音），哪知道竟被吸入了荧幕之中，穿越到了一个名为“正义之都”的西部小镇内。这里的统治者是名为杰士提斯（小林清志 配音）的男子，在他的铁腕政策下，居民们生活得十分压抑困苦。
　　在酒吧里，小新找到了风间，可此时的风间已经成为了小镇里的警长。之后，小新邂逅了名为小椿（齐藤彩夏 配音）的女孩，她不仅屡屡向小新一行人伸出援手，还替他们找到了安身之所。小椿希望有朝一日能够推翻杰士提斯的统治，小新决定助她一臂之力，广志（藤原启治 配音）发现若是想要从电影中脱身，那就必须顺应剧本将电影演完，一场精彩的大戏就此拉开序幕。