自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
2002年，数码世界面临灭亡的危机！数码世界本是由究极天使兽、基路比兽及神圣天女兽三大天使所管治的，然而其中一位天使——基路比兽却叛变，这使得数码世界的平衡受到破坏，并开始崩溃…… 古代曾经拯救数码暴龙世界的十斗士现在已不存在。就在这危急关头，十斗士的斗士精神把新力量给予了另一个世界——现实世界的孩子…… 主角拓也等人，将进入数码世界，变身成数码暴龙，投入这场冒险与战斗的旅程！
完美的我为什么…会对什么老土男兴奋啊…！？放荡自恋男×脱下衣服很煽情的邋遢男，倔强的 BL 开幕！──梶虽然表面工夫既好又是人气王，私底下却会帮他人打分数、看不起别人。他不断追求理想，寻找有没有配得上自己的最佳完美 0 号。一日，他不得不和不起眼的同事・深见一起外宿出差。唯有这家伙，就算我们单独 2 人到了无人岛上，我也不可能会和他做──他原本是这么想的，但是刚洗完澡深见却可爱又…性感到，让他怀疑自己看错！？顺势被拥抱的身体别说是 0 分了，根本是 100 分满分…！
年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。 几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。
人声鼎沸的赛场中，正在进行一场激烈的男女混合双打比赛。虽然结果早已内定，但是男组一方的面具男M意外击败女组。为了避免老板追杀，他和搭档落荒而逃，临行之际还不忘捎上心仪的对手S女士的玩具人偶。趁着夜色，他回到了从小生长的孤儿院。所谓孤儿院实际就是岌岌可危的破屋子，由好心的修女经营。面具男与孩子们快乐玩耍，同时见到了新来的美丽年轻修女。孤儿院愈加简陋，继续修缮，而丢掉工作的面具男却无计可施。就在此时，他接到老板打来的电话，原来S女士向他发起挑战，两人即将进行一场无规则大赛，获胜者将得到五千万日元的奖金。 为了给孩子们修房子，当然也为了见到梦寐以求的S女士，面具男M再度登上擂台……
八坂真寻（喜多村英梨 配音）是一位单纯平凡的高中男生，某日，他在路上意外地遭遇到了不明生物的袭击，就在这生死存亡的危机时刻，一位银发少女从天而降，成功保护了真寻的性命。少女名叫奈亚子（阿澄佳奈 配音），据说来自外星球，奈亚子告诉真寻，自己是邪神化身，此次来到地球，正是为了保护真寻。 就这样，奈亚子开始了和真寻同进同出的生活。外表冷漠个性糟糕的变态少女克子（松来未佑 配音）、个性胆小害羞但拥有强大力量的莲太（钉宫理惠 配音），这些个性迥异的外星人们接二连三地出现在了真寻的身边，平静的生活就此彻底与真寻无缘！
