从乡下转学到都市学校薰风高校的小山田耕太，在转学首日被传说中学校第一美少女源千鹤叫出去，受到她的热烈告白，同时得知她不为人知的秘密。从那天起，妖怪(千鹤)和人类(耕太)间便开始了热烈的交往。
电视动画《圣痕炼金士》改编自吉野弘幸原作、佐藤健悦作画的同名漫画。在漫画杂志《Champion RED》2009年7月号（2009年5月19日发售）上，发表了《圣痕炼金士》TV动画化的消息。电视动画于2010年1月9日首播，全24集。OVA动画第10.5集《女帝的肖像》随漫画单行本第10卷DVD限定版于2010年10月20日同捆推出。动画第2期《圣痕炼金士Ⅱ》于2011年4月11日播放。某一天，就读圣米海洛夫学园的织部真冬见到了男主角亚历山大·尼古拉叶维奇赫尔(昵称沙夏)，他是一个俄国少年，能够通过吸吮圣乳而自由地操纵铁元素的炼金士，左脸有十字架型的圣痕，幼年时的恐怖经历造就了他的冷酷个性，别号致命者沙夏。他的到来，使真冬以及灯的生活不再平静，卷入了炼金士们的战斗。埋藏长达两千年之久的圣像之迷，以这所学园为舞台展开了…………
由于混血的外貌和金色的头发，个性其实十分善良的少年羽濑川小鹰（木村良平 配音）成为了众人孤立的对象，这让他十分的苦恼。同样的，脸色难看个性孤僻的少女三日月夜空（井上麻里奈 配音）也只能在课后和自己幻想中的朋友有说有笑。这样两个孤独的人相遇了，一个专门为了交朋友而成立的社团“邻人社”应运而生。 没想到，社团一经成立，居然招来了诸多个性奇怪的美少女——喜欢玩美少女游戏的美少女柏崎星奈（伊藤加奈惠 配音），外表是妹子实则是爷们的楠辛村（山本希望 配音），超级高智商少女志熊理科（福圆美里 配音），中二病重度患者羽濑川小鸠（花泽香菜）等等。这些没有朋友的家伙们聚在一起，居然也在不知不觉中交到了许多的朋友呢。
在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识，慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
在那不久的未来，东京湾内突然坠落了一艘宇宙飞船，发现飞船中乘坐着150名外星人。1年之后，日本政府为那些无法返回故乡星球的宇宙人们颁发市民权。并以“亲爱的朋友们”为名，将他们称呼为“DearS”。 DearS们为了学习日本的语言和日本的风俗，采取了“借宿”制度（住在他人家里）。就这样DearS们伴随着他们的美貌一起渐渐被世人所接受…… 就在这个时候，因一起事故的关系，DearS本部运算的一位少女从货物卡车上掉了出来，随后又被一个普通高中生 几原武哉 给发现……之后被带回了 武哉 的家， 武哉 给这位少女启名为“怜”。惊人的是 怜 1个晚上就学会了日文，最出乎意料的是她一见到 武哉 就叫他“主人”。就这样，两个人开始了异星间交际，而 怜 平时都笨笨的关系，随着周围的人越来越多，总是引起一次又一次的骚乱，并给 武哉 添麻烦……
神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。
