男鹿辰己（小西克幸 配音）就读于石矢魔高校一年级，是一个眼神凶恶个性粗暴的不良少年。这一天，刚刚在河边结束了一场斗殴的男鹿发现河面上居然飘来了一个长相十分可疑的大叔，更让男鹿震惊的是，大叔的体内居然产出了一个小小的婴儿！大叔告诉男鹿自己名叫阿兰德隆（高木涉 配音），婴儿名叫小贝鲁（泽城美雪 配音），他们来自魔界，而此行的目的就是毁灭全人类！ 莫名其妙之中，男鹿与小贝鲁签订了契约成为了小贝鲁的奶爸，这一颠覆性的改变让男鹿觉得十分头痛。随后，身材和个性都很火爆的恶魔女仆希露迪（伊藤静 配音）来到了男鹿身边。一面要对抗校园中的黑帮团体，一边又要照顾个性别扭的小贝鲁，男鹿惊险又温馨的奶爸生活即将拉开序幕。
——某处海边，有家古老的咖啡店 在那里......似乎存在着女神—— 因为吵架而离开的祖母留下来的咖啡店「Familia」， “既然满满都是赤字，还不如赶紧关门大吉好让改造成停车场吧。” 主人公——粕壁隼，时隔3年终于回到了老家 在那里讲述“奶奶的家族”的5位陌生可爱的女孩子的故事。 突然只剩内衣？全裸！？等等，到底谁才是非法入室的家伙！ 这儿是我的家！一定要把你赶走！ 伴随着糟糕的相遇，一段关于家庭与恋爱的故事逐渐拉开了帷幕。
2000年，一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时，“光之巨人”自毁，从而发生了“第二次冲击”，进而导致世界大战。最后，人类人口减半，地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查，联合国在日本箱根成立人工进化研究所（即 GEHIRN）从事EVA（指机器人）的发展研究，后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。 另一方面，联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。 2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源渡开始执行“碇源渡版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。 2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种巨型人形生物“使徒”开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时，碇源渡秘密地执行它自己的计划。随着时间推移，碇源渡的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。 Director's Cut版本的第21～24集由剧场版《Death》篇剪辑而成，收录在20周年纪念版的蓝光中。
人声鼎沸的赛场中，正在进行一场激烈的男女混合双打比赛。虽然结果早已内定，但是男组一方的面具男M意外击败女组。为了避免老板追杀，他和搭档落荒而逃，临行之际还不忘捎上心仪的对手S女士的玩具人偶。趁着夜色，他回到了从小生长的孤儿院。所谓孤儿院实际就是岌岌可危的破屋子，由好心的修女经营。面具男与孩子们快乐玩耍，同时见到了新来的美丽年轻修女。孤儿院愈加简陋，继续修缮，而丢掉工作的面具男却无计可施。就在此时，他接到老板打来的电话，原来S女士向他发起挑战，两人即将进行一场无规则大赛，获胜者将得到五千万日元的奖金。 为了给孩子们修房子，当然也为了见到梦寐以求的S女士，面具男M再度登上擂台……
女神祭――迷宮都市オラリオが活況に包まれる、実りの祝祭。 豊穣を象徴する女神たちは祭壇に奉られ、その中にはあの『美の女神』の姿も。 ダンジョン深層という死地から生還を果たし、日常を取り戻したベル・クラネルもまた、女神祭の賑わいを楽しむはずだった…… ――とある酒場の娘から一通の手紙が届くまでは。 『ベルさんへ 今度の女神祭、二人だけでデートしてください。 シルより』 都市の片隅、小さな酒場で固まった、少女のたったひとつの決意が、少年と迷宮都市を狂わせていく。 そして、『最強』を標榜する『強靭な勇士（ルビ：エインヘリヤル）』達が今、動き出す。 これは、少年が歩み、少女が望む――【眷族の物語（ファミリア・ミィス）】――
