贫乏神来了！

　东京街头，数具男性尸体被发现，这是一场由“喰种”引发的大骚乱。大学生金木研（花江夏树 配音）原以为这一切离自己很遥远，直到一个夜里，他被自己心爱的女生袭击，原来她竟是以人肉为食的喰种。生命垂危的金木通过器官移植手术，才得以侥幸存活。而移植到金木体内的器官，来源竟然是喰种。 

　　痊愈后，金木发现自己的身体有了某种奇怪的变化，他的一只眼睛出现喰种反应，而且他再也无法进食正常人的食物。让他感到可怕的是，他开始觉得“人类”才是满足自己食欲的对象。曾经只是一个普通人类的金木，难道从此走上狩猎人类、吞食尸体的喰种之路？ 

　　在美国有一座古老的小山丘，山上的教堂里有个叫做保儿之家的孤儿院。里面的两个修女宝妮和雷恩照顾着许多孤儿。在一个大雪的夜晚两个修女听到了婴儿的哭声从外面传来，顺着哭声找去看到了两个在襁褓里的婴儿。她们分别叫甜甜怀特和安妮，转眼10年过去了，小伙伴们渐渐的都被领养走了，甜甜却不愿离开，她和安妮就像亲姐妹一样不愿分开。一次她和安妮外出遇到危险被有钱人布莱顿救下，后来安妮被布莱顿夫妇收养过上了幸福生活。一天甜甜思念安妮在山坡上哭泣，遇到了吹着风笛像童话里王子一样的英俊少年，自从遇到这位心中的白马王子后，甜甜对美好的未来充满了希望。在孤儿院最被宠爱的甜甜，后来来到莱根家给伊莎小姐当玩伴，第一天到莱根家就被伊莎和尼爾兄妹欺负，今后究竟怎样的命运在等带着甜甜呢？

有一天众多企业在米花市政大楼，共同进行了一种新的游戏“茧”的成果发表会。玩家可透过这个游戏，进入虚拟世界中，体验实地游玩游戏的快感。 但是在这个同时，汤玛斯辛多拉董事长基于某些动机，杀害了工藤优作的朋友樫村忠彬，后来被揭发罪行。 在另外一边正式启动的“茧”，被泽田弘树所开发的诺亚方舟程式入侵，使整个游戏变成了一场生存游戏。眼看着未出局的人数越来越少，柯南如何挽救50个人的性命呢？......

　在英国某间魔法学校修行的首席毕业生涅吉，目前还只是个10岁的少年。他的目标是成为“出色的魔法使”。魔法学校给涅吉指定的结业课题是“去日本普通学校当老师”！于是，涅吉在祖父的朋友的帮助下进入了麻帆良学园，担任起有着31名女生的中等部2年A组的老师。按照魔法使世界的传说，在魔法使的身边都会有一个保护着他的勇敢战士存在。这种帮助魔法使的伙伴被称为“魔法使的从者”。由于涅吉还只是个孩子，所以年幼的他尚未签订这种契约。但在进入麻帆良学园后，涅吉还是意外的通过KISS的方式与一位名叫神乐坂明日菜的女生定下了契约。从现在开始，一场妙趣横生的大骚乱似乎即将展开……

故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。                                                                      　　在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。                                                                      　　然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。                                                                      　　在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。                                                                      　　而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击......  以此为契机，命运的齿轮就此转动……                                                                      　　迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———                                                                      　　所有的答案，都在「Link Vrains」中

　　16年前，射手座黄金圣斗士艾欧洛斯怀抱真正的女神转世雅典娜逃出圣域，途中遭到双子座撒卡和摩羯座修拉的阻击身负重伤。命运的趋势下，垂危一线的艾欧洛斯将女神托付给刚好来喜马拉雅山脉探险的日本城户财团总裁城户光政（大杉涟 配音）。知晓前因后果的光政将女神带回日本，并为之起名沙织，以孙女的名义将其抚养长大。接受命运和女神的感召，经过艰苦训练的星矢（石川界人 配音）、紫龙（赤羽根健治 配音）、冰河（小野贤章 配音）、瞬（冈本信彦 配音）等少年相继回到日本，如今他们已成长为足以独当一面的圣斗士。
　　与此同时，奉教皇之命的刺客接二连三从圣域来到日本，一场足以载入史册的正邪之战就此拉开序幕……