年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。 几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。
故事描绘了20XX年，突如其来的“通往异世界的门”在东京银座出现，从中涌出来了大量怪物和军队。而陆上自卫队在击退它们的同时，还赶赴了门另一边的“特区”。于是，担任了第叁侦察队指挥的二等陆卫的宅男伊丹耀司，与帮助被巨大炎龙袭击的村民们时，与精灵、魔导师和亚神等异世界的美少女们之间产生了奇妙的交流.
自世界各地出现连接异次元与现实世界的通路「传送门」，已过了十多年。觉醒了特殊能力，被称为「猎人」的人们，与存在于传送门里地下城内的魔兽不断厮杀。猎人的能力在觉醒后就不再有成长空间，其等级也不会再有变化。然而，被称作是人类最弱兵器的程肖宇，在一次双重地下城的突击任务中得到了只有自己能够「升级」的能力，得以在战斗中不断变强。顺利通过转职任务，得到能操纵暗影士兵的职业「暗影君主」的肖宇，为了取得或许能医治母亲病情的道具「生命神水」的素材，而投身于新的战斗之中。
栗原雪（加隈亚衣 配音）是一名高中二年级的女生。个性温和而又安静的她甚至有些傻气，但深得朋友们的喜爱，对待生活和学习认真刻苦的她虽然常常会惹出小小的麻烦，但这反而增加了她的可爱度，显得是如此的楚楚动人。桃月心也（冈本信彦 配音）是比栗原雪小一岁的高中一年级男生，虽然个头比同龄人小巧，但心也展现出的却是超越了同龄人的包容和稳重。 命运让这样的两个人相遇了，栗原雪一下子就喜欢上了心也，终于，她鼓起勇气告白了，同样心动的心也接受了栗原雪的心意，两人就此开始交往，充满了甜蜜和羞涩的恋爱喜剧就此正式上演。
当艾伦释放出巨人的终极力量时，世界的命运岌岌可危。怀着消灭所有威胁艾尔迪亚的人的强烈决心，他率领一支不可阻挡的巨人大军向马莱进击。
2011年9月16日发售的漫画版第14卷限定版附的DVD。描述小阪千寻的轻音乐社团“2B Pencils”成为学校正式社团的小故事。在该时间点还没出场的鼓手五位堂结，则是在ED中以背景的方式登场。原作话数Flag54、55。
