高中生金田一可以说是全日本最白痴的高中生之一，上课老在睡觉，作业从来都是抄和他青梅竹马一起长大的美雪的，什么事情都由美雪帮他扛着。然而，阿一平凡普通的外表下却隐藏着一颗可能世界上最严密精细的头脑。他的爷爷金田一耕助是日本最有名的侦探之一，阿一遗传了爷爷的优秀基因，无论多 么高明的犯罪手法、多么狡诈的罪犯，在他面前都无所遁形！这一系列里，阿一和美雪将会遇到校园七不思议杀人事件、怪盗绅士杀人事件等一系列的恐怖杀人事件，阿一到底怎么拨开一宗宗看似毫无头绪的杀人案的迷雾？
一之濑海（齐藤壮马 配音）自幼就非常热爱钢琴这门乐器，是公认的天才钢琴少年。一次偶然中，海在森林里发现了一架废弃的钢琴，只有海能够通过这架钢琴演奏出美妙的音乐。这架特殊的钢琴锻炼了海的演奏技巧，让他获得了和常人比更多的经验。 阿字野壮介（诹访部顺一 配音）曾经也是一名天才钢琴师，然而，一场意外的车祸让他不得不告别了自己的职业生涯，对过去耿耿于怀的壮介成为了海的叔父，将自己未能完成的期望寄托在了他的身上。雨宫修平（花江夏树 配音）是海宿命般的对手，两人亦敌亦友，互相竞争，齐头并进。
正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。 另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。 真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！
