庆长19年，73岁高龄的德川家康为了第三代将军继承人人选的问题而烦恼。是愚笨的哥哥竹千代，还是天资聪慧的弟弟国千代。在这乱世里第三代将军的继承问题落到了两大忍术宗家－－甲贺流和伊贺流的身上。家康决定由两家各派出10名最优秀的忍者（真人电影版中为各5名），进行一场生死大对决，两派之中幸存下来的一方将得到千年的荣禄，并由其支持的一方继承人继承将军的名号。
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
本条枫在好友白峰理沙推荐下开始游玩游戏“NewWorid Online”，创建了名为“梅普露”的角色。然而作为游戏初学者，梅普露选择了不受欢迎的大盾当武器，同时因为怕痛而把所有状态点加到防御力的极限加点。虽然在游戏初期因此吃了不少苦，但因为梅普露无视规则又异想天开的行动方式学到各种特殊技能，更以其奇特方式通关地城获得了罕见装备，令防御进一步提升。最强初学者化身“移动要塞”在游戏中尽情胡闹的冒险故事。
软弱又胆小的阿宅连载漫画家爱徒勇气，身边有个美女助手足须沙穗都。但是有了这个助手，反而没有加快他的工作效率，反而让好色的他，工作效率变得更差，导致责任编辑音砂见张每次都必须用强硬的手段催勇气工作。后来又有自称为勇气忠实粉丝的美少女风羽玲奈、超级助手的黑井濑奈前来工作室担任助手，让好色的勇气几乎是在一个有如后宫的环境中工作…
大学一年级学生·都仓碧因机缘巧合而来到咖啡厅“Rainy Color”打工。在那里他遇到了冷淡的帅哥岩濑启一、举止轻率的樱木凉太、温柔又是女性杀手的老板古贺紫苑、以及过于自由奔放的店主天见浩司。这是在“Rainy Color”展开的真心喜剧！
仁岁千岁（岸尾大辅 配音）自幼失去了父母，在孤儿院里长大，成人后，他住进了父母留给自己的房子里。偌大的屋子内，常年只有他一个人在走动，这份孤独狠狠侵蚀着他的内心，让他常常处于孤独之中。 某日，五名个性迥异的老师们住进了千岁的房子里成为了千岁的房客。情绪波动非常大的爱哭鬼一文字睦月（浅野琉璃 配音）、沉默寡言面无表情的二之舞如月（木村亚希子 配音）、身为保健老师同时也是剑道高手的三世院弥生（井上喜久子 配音）、个性开朗充满了活力的四天王卯月（古山贵实子 配音）和运动健将五箇条五月（笹岛芳 配音），这五位老师的出现带给了千岁人生新的希望。
