「你知道浦岛隧道吗？据说只要进入那条隧道，就能得到任何想要的事物；但相对地也会变老——」 高中生塔野薰听说了这样的都市传说，碰巧就在当天夜晚，发现了疑似传言所指的隧道。只要进入这条隧道，或许就能救回五年前过世的妹妹。 放学后，薰开始独自探勘隧道，却被转学生花城杏子发现。两人为了得到彼此想要的东西而携手合作。充满前所未有体验的惊奇夏天，即将开始。
公元2307年，地球的化石燃料枯竭了。经过将近半个世纪的建设后，建成了全长5万千米、以3条轨道升降机为中心的太阳能发电系统。为了建造出这个能制造半永久能量的巨大建筑物，世界形成了3个巨大的国家联盟：以美国为中心的“世界经济联盟”，通称UNION；以中国、俄罗斯、印度为中心的“人类革新联盟”；新欧洲共同体AEU。由于轨道升降机过于巨大，防卫变成了十分困难的任务。但各国军队依然为了自己的威信与繁荣进行着大规模的zero-sum game（任何一方都得不到好处的竞争）。这样的世界，要为其花上句号的组织出现了——拥有机动战士高达的“天人”私人武装组织。他们为了消除世界的纷争，展开了超越民族、国家、宗教的作战行动。高达驾驶员刹那•F•清英决心改变这个世界。
春日（植田慎一郎 配音）是一个标准的文学青年，成日埋头于书本之间的他将法国著名诗人波德莱尔的代表作《恶之花》奉为圣经。在春日的内心里，同班女生佐伯奈奈子（日笠阳子 配音）就是女神的象征，无奈于自己的平凡，春日只能依靠灼热的目光来传递心中的感情。 一次意外中，春日拾得了佐伯的体操服，鬼使神差之下他将还留有佐伯体香的体操服纳入了囊中，没想到，这一举动被班级里的“不良少女”仲村佐和（伊濑茉莉也 配音）完完全全的看在了眼里，而当春日想将体操服归还给佐伯之时他才发现，事态已经发展到了无法挽回的地步。利用春日的“弱点”，仲村和春日签订了所谓的“契约”，作为保守秘密的代价，春日不可以忤逆仲村的任何要求。恶之花静静的绽放，控制与被控制，一场三人之间的扭曲爱恋拉开了帷幕。
