故事以史上首个自律人型AI「Vivy」为主角，是以「歌声带给众人幸福」为使命的「歌姬」。某日自称来自100年后的AI「松本（マツモト）」突然出现，并表示自己将与Vivy共同修正历史、避免100年后人类与AI发生战争，使Vivy踏上破坏AI的旅途。
15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
1999年，一艘高精尖的外太空飞船坠落南太平洋岛，这一时间改变了战争频繁的地球历史。经过十年的研究，人类修复并重建太空船，并将其命名为“太空堡垒”。正当人类沉浸在一片自豪与喜悦中时，来自银河深处的天顶星人逼近地球，从早期的格罗佛船长、瑞克、麦克斯，到来自泰洛星的机器人统治者与让那率领的南十字军ATAC15小队爆发的第二次宇宙大战，再到已经实现外太空殖民的地球人与依靠史前能量生存的因维人的地球争夺战，接连三次宇宙大战，无数英雄登场，地球人与外星人长达半个多世纪的浩大战争相继呈现…… 本片由由美国金和声公司（Harmony Gold）根据《超时空要塞》、《超时空骑团》、《机甲创世纪》3部日本动画重新剪辑改编而成的85集长篇动画。
