《东京食尸鬼第三季》混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。对“喰种”进行驱逐、研究的CCG，为了达成某个命题，而新设了实验体集团。 ——其名为“Quinx”。并非“正经人类”的他们，与佐佐木琲世一等搜查官一起在“东京”面对的事物究竟是——！？
在一个 6 岁时可以从各种动物神明处获得庇佑的奇幻世界中，性格极其内向、胆小的伯爵令嬢索菲亚·里拉意外得到了最强战斗系神明——“猩猩神”的祝福。她一心只想过平静的学园生活，却因这稀有的强大力量，吸引了王立骑士团的注意，甚至被破格招募为见习骑士。尽管索菲亚努力隐藏自己压倒性的力量，但她的天赋与实力却屡屡引起关注，而骑士团中优秀的年轻骑士们则对她格外关心与温柔守护。在这样一个奇妙的环境中，一场围绕“猩猩神力量”的超展开与意想不到的心动恋爱喜剧拉开了帷幕！
绿化都市风祭。 在这个文明和绿色共存的理想都市里居住着的天王寺瑚太朗和神戸小鳥、吉野晴彦等朋友们过着平凡的每一天。 就在这平静的风祭市里、每年一次的喧嚣时期到来了。 这就是将整个都市气氛烘托热烈的收获祭。 宛如迎接巨大的文化祭一般、瑚太朗开始了捕捉新闻线索的打工。 风祭的未确认生物情报、原本只是超自然现象一般的流言，结果却逐渐被染上了一层真实的色彩。 同时期、瑚太朗的身边也开始逐渐开始出现各种无法解释的现象。 瑚太朗请求神秘研究会的部長千里朱音进行调查协助、而他的朋友们也被卷入了这场调查行动之中。 这对瑚太朗来说、其实只是为了满足自己小小的冒险欲而已。 和充满精力的伙伴们一起度过的话、那真是太好了。 瑚太朗还没有注意到。那和谁都不曾知晓的“真实”的探求之路紧紧联系在一起。 ———能改写过来吗、她的命运。
自横滨大街陷入混乱的那个事件以后的3个月，主人公之一的紫携手失忆少女初，再度以侦探的身份开启了他们的活动。就在此时，曾对奈斯开枪的亚特，却突然出现在他们面前。亚特心中究竟抱持何种打算？
故事发生在一个小镇上，冈崎朋也是光坂高中在校生，因为家庭原因他一直过着浑浑噩噩的生活。他不参加任何社团活动，唯一的朋友是春原阳平。 某天的上学途中，在樱花飞舞的坡道上，他邂逅了一名少女——古河渚，从此他的生活发生改变。渚因病休学一年，重返校园的她对周围环境感到相当不适应。她想加入戏剧部，然而戏剧部早已休部。朋也决定帮助她一起开展戏剧部的活动，二人关系变得越发亲密。随后不久朋也在图书馆中结识了一名天才少女一之濑琴美。
这里是，“人”“神”“魔”各种族混杂的神秘世界密斯塔尔希亚。 世界免于巴哈姆特复活引发的崩坏，在那之后过了10年—— 新的“人”之王袭击“神”之神殿，攻陷“魔”之国度。 从濒临毁灭的状况得到复兴以及更进一步的发展，王都为“人”带来了财富。 作为王都复兴的食粮而沦为奴隶的“魔”，以及随着信仰心的消失而失去力量的“神”。 在逐渐失去均衡的世界中，“人”“神”“魔”各自的正义相互交错……
