小学生静儿、大雄、强夫和胖子技安是四个最亲密的伙伴，说是亲密伙伴，是因为他们四个经常在一起玩，但强夫和胖子技安经常欺负大雄。而大雄天生就是被人欺负的对象，他胆小内向，经常被强夫和技安欺负得大哭着跑回家。不过，大雄家里住着来自未来的机器猫——哆啦A梦，哆啦A梦经常会看到大雄被欺负忍不住拿出一些未来世界的“法宝”帮助他，不过大雄大多数都会滥用这些“法宝”去作弄人，最后经常导致局面不可收拾，笑料百出……
高中生佐藤和真（福岛润 配音）喜爱一切和二次元相关的东西，是一名典型的宅男家里蹲，却在百年难得一遇的外出日里遭遇了交通事故不幸命丧黄泉。让佐藤没有想到的是，自己竟然和本应该引导自己投胎转世的女神阿克亚（雨宫天 配音）一同穿越来到了异世界阿克塞尔城，在这里，他们必须依靠自 己的双手创造财富，如此才能够生存下去。 个性火爆的可爱魔法师惠惠（高桥李依 配音）、属性奇怪的千金大小姐达克尼斯（茅野爱衣 配音）、盗贼克丽丝（诹访彩花 配音）、经营着魔道具小店却毫无经商头脑的维兹（堀江由衣 配音），在曾经的世界里一个朋友都没有的佐藤，在这里获得了珍贵的友谊。
因兴趣而开始做英雄的男人，埼玉。他通过3年的特训获得了无敌的力量，成为仅凭一击就能打倒任何敌人的英雄。他和偶然成为自己弟子的杰诺斯一起，开始在英雄协会正式展开英雄活动。在怪人发生率异常上升的同时，英雄协会想到大预言家皱巴巴婆婆留下的“地球完蛋了”的灾害的可能性，并准备开始研究对策。此时，对怪人感到憧憬的饿狼出现了。
宇宙殖民地移民经过数百年的宇宙时代，争夺地球圈霸权的战争结束了，本以为和平的时代已经来临，然而却是快要面临着崩毁。 A.G.（Advanced Generation）101年 突如其来的不明敌人（UE=Unknown Enemy）攻击宇宙殖民地“天使”并使其崩毁，这死伤惨重的悲剧日后被称为“天使的日落”，之后UE对居住在地球圈的人们带来长期的危害。 A.G.108年 与UE的战斗持续着，原本和平的宇宙殖民地“奥凡”也遭到袭击，居住在此的7岁少年弗里特·明日野在战火中失去了母亲。不过，母亲在临终时，将家中代代相传的记忆单元“AGE装置”托付给他。其中包含着被称为救世主的古代MS“高达”的设计图，弗利特继承了母亲的意志，决心造出高达。 A.G.115年 14岁的弗利特被宇宙殖民地“诺拉”的联邦军基地阿林斯顿接收。七年间，和基地的工程师们持续着研究，终于完成了高达。这部搭载了“AGE系统”的高达，能够令机体自我进化。 然而，可怕的时刻终于来临…… UE的魔爪终于逼近和平的殖民地“诺拉”。 如今，弗利特开动自己制造的高达，挺身而战。 到底弗利特能战胜14年间都不能战胜的可怕敌人UE吗？ 历经明日野家族3代人的“百年战争”由此展开……
故事开始于四月一日君寻和壹原侑子的命运相遇。自从遇到侑子后，四月一日遇到了形形色色的人和物，发生了许许多多的好事坏事，他自己也发生了很大的改变。然而店主人侑子留下了最后的愿望之后，却消失了。于是四月一日守在店里，等待有一天与她重逢。 这十年来，四月一日每日守着店，昔日的高中生业已成熟。这天，已经成为大学助教的百目鬼静来到店里，跟四月一日说起一件怪事。因为他是民俗学方面的专家，于是被一户大家族委托鉴定父辈遗留下来的古物。他发现了荼吉尼天手札，同时也发现这户人家十分不同寻常。四月一日通过录像接受了委托，于是派出管狐，让它和百目鬼一起到那户人家里完成任务……
突然出现在人类面前的神秘飞翔体“灾”。 意味着灾厄的此一存在凭借异样的战斗力凌驾于所有的航空战力之上。 为对抗他们而开发的，便是对现有机体进行特别调整以实现超水准高机动力， 被称为“子体”的兵器。 负责操控的则是名为“阿尼玛”的操纵机构。它——竟拥有少女的外表。 因“灾”的缘故而失去驾驶员母亲的少年“鸣谷慧”， 他遇见了闪耀鲜红光辉的瑞典制战斗机以及驾驶它的阿尼玛“格里芬”。 身为人类最终兵器却动作不稳定的格里芬，还有一心向往天空的少年， 两人漫长且炙热的故事就此展开。
身为人类少女，却与人类不同的存在——精灵。 拥有强大能力，在从邻界显现时会引发被称为“空间震”的灾害的她们，甚至被称为人类的天敌。 人类对付这种精灵威胁的手段，是武力消灭，或者—— “约会吧，让我出去玩！” 五河士道拥有通过吸取精灵与之亲吻来封印力量的能力。 以这种力量拯救了人类和精灵们的他周围，一场巨大的动荡即将到来。 瞄准世界一流巨型企业精灵力量的DEM产业，为了夺走士道的生命，全力展开袭击。 然后，在士道记忆深处的神秘少女，显现出她的真实身份——。 许多想法交织在一起，历史上最大的战斗开始了。
