人类居住的“物质界”和恶魔居住的“虚无界”本来是互不干涉的两个次元，但是因为恶魔出于对物质的凭依，对物质界有了干涉。于是人类之中便有了驱除恶魔的“驱魔师”存在。 魔神（撒旦）的孩子奥村燐，隐藏了自己的出身，决意成为驱魔师，前往正十字学园内部存在的驱魔师培训机构·驱魔补习班学习。在地之王袭击的时候，奥村燐魔神的私生子的事败露了。因为畏惧魔神的“蓝炎”，同伴们与奥村燐之间的距离…… 在那样的时候，学园最深部被封印了“不净王的左眼”被不明人员偷窃，奥村燐等人陷入到了无法预料的事态。
人間の住む「物質界アッシャー」 と悪魔が住む「虚無界ゲヘナ」。 本来は干渉することすらできない二つの次元だが、 悪魔はあらゆる物質に憑依し、物質界に干渉していた。 しかし人間の中には、そんな悪魔を祓う「祓魔師エクソシスト」が存在した―― 運命と対峙する霧隠シュラのエピソードや、正十字騎士團の闇が浮かび上がる「雪ノ果篇」。 奥村燐・雪男の出生の秘密――〝青い夜〟の真実に迫る「終夜篇」。 物語はいよいよ「青の祓魔師」の核心を暴き出す――
本作は1960年代前半の東京を舞台に、まだ何者でもない“少年ルパン”が高度経済成長期の日本を駆け巡るオリジナルストーリー。アニメーションでルパンの少年期が描かれるのは今回が初めてだ。原作者のモンキー・パンチが描いた少年期（ジャリルパン）からヒントを得る形で、13歳の中学生がいかにして大泥棒ルパン三世となったのかという始まりの物語が全6話で紡がれる。
