从乡下转学到都市学校薰风高校的小山田耕太，在转学首日被传说中学校第一美少女源千鹤叫出去，受到她的热烈告白，同时得知她不为人知的秘密。从那天起，妖怪(千鹤)和人类(耕太)间便开始了热烈的交往。
将元号改名为“平成”之后的20余年，进入21世纪初期的日本。将日本从闭关锁国状态中解救出来的德川幕府仍然维持着统治，庆康第25代就任将军之位。 故事的舞台是座落在富士山麓的大型教育机构武应学园私塾。在这间学校，学生会执行部将反对德川家的人判定叛乱份子强行进行镇压并把这种行动称之为“丰臣狩猎”。面对他们的粗暴举动，越来越多的人感到不满。 故事的主人公是父亲失踪后，在柳生道场暂代师傅职位的在校生柳生宗朗。他对学生会进行的“丰臣狩猎”行动抱有疑问而主动和执行部保持了距离。然而有一天，柳生宗朗突然收到学生会的命令，要求他明天立刻交出道场。当天晚上，柳生宗朗和平日一样在道场进行修炼，突然间从屋顶上掉下来一名手持兵刃的美少女。之后，这名自称柳生十兵卫三严的美少女用华丽的剑术击退了突然来袭的风纪委员长服部忍群，从这之后，就不断有继承了历史名将名称的美少女出现在柳生宗朗面前。
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
故事发生在一间风格十分复古华丽的老式洋馆中，你是公寓的管理员，在那里，命运的邂逅等待着你。 运动细胞非常发达，看上去冷酷无情但是实际上十分温柔的苇原巧（前野智昭 配音）、小小年纪就已经是出色演员，一边演戏一边念书的仁科葵（花江夏树 配音）、身为著名企业的高管，个性十分严厉甚至稍稍有些施虐倾向，可是又存在着善解人意稳重可靠的一面的宫坂真也（鸟海浩辅 配音），居住在公寓里的，是这样三名性格迥异的男子。每一天，你看着他们进进出出，你们之间，会碰撞出怎样的火花呢？
南葛中と東邦学園の同時優勝で幕を閉じた全国中学生サッカー大会。 大会後、フランス・パリで開催される国際ジュニアユース大会に向け、 日本ジュニアユース代表が選出されることとなった。 世界への飛躍を誓う翼に加え、日向、若島津、そして若林、岬の海外組ら最強の布陣。 一方、日本を実力で上回る世界のサッカー大国も動き出していた。 ドイツのシュナイダー、フランスのピエール、アルゼンチンのディアス、イタリアのヘルナンデスら、新たなライバルたちもまた世界一の座を手中に収めるべくパリに集結。 夢と誇りを懸けた激闘が今、始まるのだった!!
突如《見えざる帝国》の襲撃を受けた尸魂界を救うべく、 死神代行・黒崎一護は、躊躇うことなく戦いに身を投じる。 だが、滅却師の始祖・ユーハバッハの命を受けた星十字騎士団の侵攻により、 多くの死神たちが次々と無惨に散っていった。 卍解を奪う手段をも持つ星十字騎士団の面々に、護廷十三隊は隊長格すら苦戦し、 奮闘する一護もまた、ユーハバッハを前にしては力及ばず、刀を折られてしまう。 斬月を治せず失意の一護に、父・一心が語った過去。 己を知り、決意と共に再び立ち上がった一護は今、導かれ修練の時へ踏み出す。 新たな力をその手に、大切な仲間を、全てを護るために――。 一方、一護とは異なる行動をとっていた、滅却師の末裔・石田雨竜。 記録を紐解き真実を求めた雨竜が辿り着いた答えとは――。 ユーハバッハが指名した「後継者」が《見えざる帝国》に波紋を呼び、 戦況は新たな局面へと様相を変えていく。 『世界の終わる９日間』 瀞霊廷は闇に消え、やがて訣別の刻が訪れる――。
