磁星骑士描述的是在人类居住的五行洲之外，还有一个精灵的世界叫恒磁星。恒磁星的长老发现邪恶的红骑士妄图破坏两个世界，于是向五行洲派出了磁星精灵远征队，寻找能够拯救两个世界的磁星骑士。没想到，被选中的磁星骑士居然是散漫的阿峰、活在因事故死去的哥哥阴影中的向东、缺少父母陪伴的富家千金雅玲和从小失去双亲、性格孤僻懦弱的茉莉。这四个普通学生最初缺乏使命感，但在与邪恶分子的斗争中，逐渐克服了各自的缺点，齐心协力获得了胜利，成为了真正的磁星骑士。
15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
突然起こった製鉄所の爆発事故により全ての出口を失い、時まで止まってしまった町で暮らす中学三年生の正宗。いつか元に戻れるように、住人たちは変化を禁じられ鬱屈した日々を過ごす中、謎めいた同級生の睦実に導かれ、製鉄所の第五高炉へと足を踏み入れる。そこにいたのは喋ることのできない、野生の狼のような少女―。二人の少女と正宗との出会いが世界の均衡を崩していき、日常に飽きた少年少女たちの、止められない＜恋する衝動＞が世界を壊し始める―。
