主角小林哲平是平凡的日本男學生。某天，他跟雙親一起出去旅行，但是雙親在回去的路上死於交通事故。其後哲平被自己的外祖父收養了。 外祖父有馬一心是日本著名企業集團的總裁。為了成為他的繼承人，哲平轉學到名字叫秀峰學園的名門私立學校。 哲平在秀峰學園遇見了一位名叫夏洛特·黑澤爾林克的少女。她是在日本留學的異國公主。
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
由于KING RECORDS出了岔子，电视动画和第三季同时开始的梦想破灭了…二人究竟能否活到动画开播…？
后藤独是一个极度内向阴沉的女生，因向往乐团活动而开始练习吉他。某天，后藤独在路上被鼓手伊地知虹夏邀请去自己组织的女高中生乐队补缺，于是初相识的后藤、伊地知和山田正式以“纽带乐队”之名开始活动。其后，阳光女生喜多也加入团队，个性鲜明的四个女孩各司其职，乐队准备步入正轨。被大家推举为乐队的原创作品作词的后藤独，渐渐发现难以调和词作中的“乐队风格”与个人风格，为此苦恼不已。经过一番自我探索与朋友的鼓励，原创曲目终于创作完成，后藤独也在意外结识的广井菊里的帮助下再度实现突破，初出茅庐的“纽带乐队”终于迎来了第一次登台表演的机会。没想到演出当日受到台风的影响，直到开场前也只有零散的几位观众到场。在这样沉重的氛围下，纽带乐队开始了他们第一场演出。
神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。
第一部OVA由株式会社亚细亚堂制作，由安浓高志导演，1998年5月及12月以VHS和镭射影碟形式发售。剧情选择性地讲述单行本一至三册，包括阿尔法与菜心的邂逅，以及阿尔法遭到雷击并被医生治愈的事情。后来本OVA又以DVD形式重新推出。 在大海已经淹没了大部分陆地的时代，在横滨以西的悬崖的附近人迹稀少的小路旁有一家名叫“COFFEE A”的小咖啡店。店里有一名可爱的女店员，她叫初濑野阿尔法，是这家店主买的A7M2型机器人。阿尔法除了身体是机器成分构成而且不能摄取动物蛋白质以外，其他地方都与年青的人类女孩子没有分别。她可以像人类一样思维和行动，只是有时感觉会比人类更敏锐。 几年前因为主人离开了，只留给她一只HKP7M13小手枪和这家用她名字命名的咖啡店。阿尔法很高兴自己是个机器人，因为这样可以一直等主人回来。唯一遗憾的是她和主人一直居住在荒凉的海边，咖啡店几乎没有什么人来，店里的咖啡八成都是被自己喝掉的。 不过阿尔法并不在乎这些，只是附近的邻居偶尔光顾已经令她很满足了。在这附近经营加油站结果汽油都快腐烂了还没客人来。大叔一直把阿尔法当成自己的家人一样照顾，大叔的孙子高广像自己的弟弟一样喜欢在店里跑来跑去，最近经常和高广一起来的小姑娘好像也认识那个带梭子鱼、满脸大胡子的文久，时隐时现的小精灵美沙葛也很活泼，也该给武藏野的好朋友菜心写信了…… 机器人阿尔法的生命中没有时间，她的生活一样非常平静，只是偶尔去横滨买买东西。
