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　　人间体乡秀树的梦想是成为一名出色的赛车手，可这个梦想在第一集中破灭了——乡秀树为了救一个为救小狗鲁莽行事的小孩而不幸被残暴的怪兽杀害。和他共事的挚友坂田（女朋友秋子的哥哥）把他们刚合作完成的赛车点燃以悼念死去的乡。
　　当乡又复活时所有人都感到不可思议，乡被杰克·奥特曼赋予 了新的生命。此后，他就可以变身成为杰克·奥特曼为保护地球而战斗了。杰克奥特曼是强大的奥特战士，同时也是热爱人类的宇宙英雄。

　　曾经，埼玉（古川慎 配音）只是一介平凡的上班族，某日，在偶然之中遇见了遭到变种螃蟹攻击的少年，心中升腾起了正义之感，对其出手相救。就此之后，埼玉幼年时代的英雄梦想在内心里死灰复燃，为了变得更加强大，埼玉开始了艰苦的训练，一晃眼数年过去，他仿佛脱胎换骨般的获得了异常强大的力量，但却付出了变成光头的代价。                                    
                               　　由于埼玉的力量实在是过于强大，无论面对如何可怕的敌人，都只需一拳就能分出胜负。之后，埼玉遇见了名为杰诺斯（石川界人 配音）的改造人，后者在领略了埼玉的绝对强大之后拜其为师。与此同时，埼玉和杰诺斯报名加入了英雄协会，成为了真真正正有名有号的英雄，就此开始了打击罪恶之旅。

　　在旷日持久的世界大战后，城市中遍布着出于不同原因而接受了机械化改造的人类，这些人被称为“扩张者”。与此同时，扩张技术的开发方，科技公司“贝琉连”也因战争对高科技兵器与扩张改造的需求而迅速膨胀，成为了一手遮天的巨型企业，操控着整个城市。随着扩张技术的发展，扩张者与普通人类之间逐渐产生了隔阂，也出现了许许多多的摩擦，由于过度改造而获得强大力量的“过剩扩张者”开始引发一系列社会问题，qiwan.cc成为了威胁社会稳定的重大隐患。因此，政府下辖的复兴厅设立了名为EMS（扩张者对策局）的机构用以管理与扩张者相关的事务，与称霸一方的贝琉连形成了暗中联系又相互牵制的微妙局面。在混乱的社会秩序中，故事的主角，以一把左轮手枪作为头部的过剩扩张者——乾（qián）十三以“处理屋”的身份活跃在城市中，负责接受委托并处理与扩张者相关的各种棘手案件，以此过着行走于刀尖之上的生活。而这样的生活，因为一次别有隐情的“绑架案件”发生了变化……

本作是以解谜为题材的原创动画，Phi-Brain是指拥有黄金比大脑之人，而主人公Kaito作为Phi-Brain的候补者之一，为解开传说中的“神之谜题”而展开一场冒险。 热爱解谜的私立√（Root）学园高一学生大門Kaito，在偶然的机遇下挑战了潜藏在学园近郊地下遗迹中的“不可解之谜”，那是由神秘的智囊集团POG所制造的、招致生命危险的“贤者之谜”。被真相激怒的Kaito漂亮地攻克了贤者之谜，意外地从中获得了“Solver(解答者)”的指名。于是Kaito与青梅竹马的少女Nonoha以及其他拥有解答者身份的同伴们一起，以存在于世界各地的“贤者之谜”为舞台，与POG展开解谜对决。