生长于伊豆小镇的小日向光，以及从东京搬来的大木双叶。一同进入梦丘高中的两人，在呼吸器潜水以及日常的平凡事件当中，找到了很多的幸福。曾经对任何事都很消极的双叶，在总是开朗乐观的光的影响下，经历了很多向前踏出一步的喜悦。不止如此，双叶还在期盼已久的开放水域潜水员实习中合格，接下来将要以进阶开放水域潜水员为目标。仅此一次、无可替代的高中生活，现在才正要开始。美妙的日子仍未结束，两人一同走过的日子还要一直继续。
成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
本片改编自TYPE-MOON出品的文字冒险类游戏《Fate/stay night》，是该游戏的Heaven's Feel路线，简称“HF”或“樱线”，是该系列作品动画剧场版全三部作品中的最终章。 在剧场版作品第二章黑化之后的樱吸收了众多Servant的灵魂后，被世间 所有的恶控制，成为黑色圣杯的化身。 最终，得知一切的士郎放弃了成为正义的伙伴，选择了保护樱...
