剧情承接上一季，安兹以耶·兰提尔为根据地建立了“安兹·乌尔·恭魔导国”，但却使安兹陷入了烦恼的境地。他作为一个国家的国王，该如何引导这个国家呢？ 在雅儿贝德、迪米乌哥斯等优秀的NPC们不眠不休地工作下，魔导国现在成了一个安全且没有饥饿的地方。但是，在那里生活的人们至今仍抱有恐惧和不安，街道像火熄灭了一样安静，失去了曾经的活力。在找不到答案的情况下，安兹一个人访问了冒险者工会，并向工会主席艾因扎克提出一个建议……
以635米的高度为傲、可以俯瞰东京街景的铃木塔竣工。前往参加其开幕仪式的柯南等人，从眺望台上享受着绝美的景色。就在此时，一发子弹击碎了窗户玻璃，打穿了一个男人的胸膛。案件发生于一瞬之间，完全搞不清到底发生了什么，小兰与少年侦探团都陷入了恐慌。 柯南立刻利用追踪眼镜的望远镜功能，沿着弹道发现了一个黑色的身影。“从那么远的距离进行狙击，怎么可能？！”柯南马上与女高中生侦探世良真纯乘坐摩托车追赶逃走的狙击手，意想不到的是狙击手居然连警察的巡逻车都打算一起炸掉，整个追踪过程都被其玩弄于股掌之中。结果，这场激烈的追踪将FBI也卷入其中，犯人以及狙击事件的谜团都消失在了大海里。 于是柯南和世良协力，而警察和FBI合作调查此案，终于查出了美国海军特种部队“海豹突击队（Navy Seals）”的存在。其实这起狙击事件不过是接下来将发生的大混乱的第一步！与此同时，住在工藤新一家的神秘研究生冲矢昴也不动声色地秘密行动起来……
那一天，五个世界突然被“门”连接在了一起——我们所居住的蓝色世界，被夜与魔法支配的黑色世界，祈祷着神灵守护的红色世界，由科学与电脑管理的白色世界，以及在军队和武器统治下的绿色世界。 天使、恶魔、妖精、魔女、女神。 在童话与神话中的存在纷纷降临于世。 就在这时，在世界各处，也出现了觉醒了异能的少女。 少女们呼唤着“プログレス”（progress），并向保护、培养设施——青蓝学苑集中。 少女们彼此相遇并结下羁绊，共同对抗五个世界的敌人——将世界引向终结的组织——衔尾蛇。
ファン待望の新婚旅行エピソードを、春場ねぎ原案＆完全監修のもと映像化。 大人になった風太郎と五つ子の日常をお届けします！ 「落第寸前」「勉強嫌い」の美少女五つ子を、 アルバイト家庭教師として見事「卒業」まで導いた風太郎。 それぞれの道へと歩み夢を叶えた五つ子だったが、何か悩みを抱えている様子で...。 そんな中、風太郎と五つ子はハネムーンを兼ねたハワイ旅行を計画する。 順調に準備が進んでいた矢先、ある事件が発覚し大慌ての事態に!! さらには旅行先のハワイでもトラブルに巻き込まれて…!? かわいさ500％の五つ子ラブコメ、新婚旅行編──!!
