石距危机解除后，SSR班迎来了新伙伴，显得更加热闹了起来。而此时适逢百鬼幼儿园举办的春日祭，玉藻前和妖刀姬摆摊卖起了章鱼丸，阎魔、判官和小黑小白兄弟搭起了鬼屋，然而全校最红火的当属SR班的弈同学，他开的竞猜让全校师生输光了小妖怪却又欲罢不能。但在此时，有个饥寒交迫的身影倒在了校门口，发现情况的同学们都热心的对他伸出援手，可是这个孩子出现后发生的种种事件，为他的身世带来了重重的谜团......
缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。 留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。 重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。 即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。 但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒…… “所以说过去的事情我不知道啦！” 面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。 对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。 接下来，应该在数码世界做些什么才好—— 在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着—— 看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。 此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。 调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。 此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……
《游戏王》动画版，首先于1998年4月4日在日本的朝日电视台播放，共有27集，于1998年10月10日完播，是真正意义上的第一部游戏王动画。主要讲述漫画前期的黑暗游戏（闇のゲーム)，直到第一次打莫良RPG为止，声优阵容超强。
“在我遇见他之前，我是不相信（奇迹）那种东西存在的。”带着这样的想法，漆叶凛华在回家路上发现了“飞在空中的企鹅”为了一夜暴富的凛华追踪企鹅的时候遇到了发光的鱼群，在追寻“飞在空中的企鹅”时，与空中飞过的光之鱼接触后失去了意识。第二天醒来，身体竟然穿过了地板！？同时东京出现了大量的超能力觉醒者。
很久以前，魔王兽在地球上出现，做尽一切的破坏。以奥特曼及迪迦的奥特英雄们将魔王兽封印，令地球恢复了和平。 时光流逝——。 为了从魔王兽的复活中保护地球，从银河的远方来到地球的光之战士，欧布奥特曼。在地球上自称红凯，作为流浪青年无定向及持续地漂泊旅行。 红凯为了打倒复活的魔王兽，将昔日奥特英雄们封印魔王兽并留下来的力量以“欧布圆环 Orb Ring”卡片化，以此来获得“奥特融合卡 Ultra Fusion Card”。 “奥特融合卡”寄宿着历代奥特英雄的力量。红凯把两张“奥特融合卡”经由“欧布圆环”双重读取，Ultraman Orb Fusion Up(融合升越)！在与魔王兽的战斗中胜利及获得新卡片，欧布奥特曼将会得到新力量！
街を賑わすサーカス団。 しかし、彼らの移動とリンクするように街では子どもたちが消えていた。 調査のためサーカス団に団員として潜入した、セバスチャンとシエル。 そこで思いがけない人物…に遭遇する。 サーカス団の隠された目的とは！？
