游戏业界是一个与现实相异的世界，存在着四个由女神统治的国家：Planeptune、Lastation、Leanbox和Lowee，四个国家为了争夺女神力量之源“Share”而展开长期战争。但是，因惧怕长期战争导致国力衰弱，女神们最终缔结了禁止武力争夺Share的《友好条约》。就这样，游戏业界迈向崭新的未来，四个国家的女神和候补生妹妹也开始了新的生活——。
中学時代“?”と呼ばれていた?森?花は、?分を変えるため、?由な校?の?美津?校に?学した。 同じクラスで隣の席になったのは、レモン?の髪をした、 クールで?由奔放な「レモンソーダ男?」の三浦界。 実は?花は中学時代に?度だけ界に会い、そのひと?をきっかけに?校を決めた。 ?花にとっては、?気者の界は遠い存在。 そんな界が、なぜか?花の世話を焼くようになる。 界が背中を押してくれることで、少しずつクラスに溶け込んでいく?花だったが???。 ?花の世界はどんどん、界の存在によって変わっていく―――。 果てなく広がる 光の真ん中に 今、私はいる
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
